Date post: | 02-May-2015 |
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Epidemiologia della Epidemiologia della tubercolosi in Toscanatubercolosi in Toscana
Il questionarioIl questionario
La rete dei laboratoriLa rete dei laboratori
Laboratori di I livelloLaboratori di I livello– Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per Invio dei campioni al rispettivo laboratorio di II livello per
l’esecuzione della coltural’esecuzione della coltura Laboratori di II livelloLaboratori di II livello
– Conservazione di tutti i ceppi di Conservazione di tutti i ceppi di M. tuberculosisM. tuberculosis complex complex– Raccolta delle notizie epidemiologicheRaccolta delle notizie epidemiologiche– Invio di ceppi e schede al Laboratorio di III livelloInvio di ceppi e schede al Laboratorio di III livello
Laboratorio di III livelloLaboratorio di III livello– Esecuzione o completamento dell’identificazioneEsecuzione o completamento dell’identificazione– Eventuale esecuzione dell’antibiogrammaEventuale esecuzione dell’antibiogramma– Conservazione dei ceppi Conservazione dei ceppi – Elaborazione dei dati epidemiologici Elaborazione dei dati epidemiologici – Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)Studio dei ceppi a livello molecolare (Univ. Pisa)
Gli aderentiGli aderenti
Tutte le Aziende dell’area fiorentinaTutte le Aziende dell’area fiorentina Microbiologia Ospedale di ArezzoMicrobiologia Ospedale di Arezzo Microbiologia Ospedale di GrossetoMicrobiologia Ospedale di Grosseto Microbiologia Ospedale di LuccaMicrobiologia Ospedale di Lucca Microbiologia Università di PisaMicrobiologia Università di Pisa Malattie Infettive Ospedale di PistoiaMalattie Infettive Ospedale di Pistoia Malattie Infettive Ospedale di PratoMalattie Infettive Ospedale di Prato Microbiologia Università di SienaMicrobiologia Università di Siena Microbiologia Ospedale di EmpoliMicrobiologia Ospedale di Empoli
Pazienti per classe di etàPazienti per classe di età
0 10 20 30
fino a 10 a.
11-20 a.
21-30 a.
31-40 a.
41-50 a.
51-60 a.
61-70 a.
oltre 70 a.
Distribuzione in base al Distribuzione in base al sessosesso
43%
57%
Femmine
Maschi
Le resistenze 1Le resistenze 1
0 2 4 6 8
Isoniazide
Pirazinam.
Etambutolo
Rifampicina
Le resistenze 2Le resistenze 2
02468
1012
ISO ETA PIR RIF
I taliani
Stranieri
Sede della malattiaSede della malattia
82%
17% 1%
Polmonare Extra-polmonare Dissemimata
Paese di originePaese di origine
0 10 20 30 40
Cina
Romania
Perù
Marocco
Senegal
Somalia
A lbania
Nigeria
Filippine
Brasile
Pakistan
I ndia
Yugoslavia
Etiopia
Eritrea
Tunisia
Ecuador
Costa d'avorio
Bangladesh
Ukraina
Sri Lanka
59%
41%
Italiani
Stranieri
HIV-statusHIV-status
3% 3%
71%
23%
AIDS HIV-pos HIV-neg non noto
Isolamenti per provinciaIsolamenti per provincia
0 100 200 300
Firenze
Prato
Lucca
Pistoia
Siena
Pisa
Arezzo
Massa Carrara
Livorno
Grosseto
http//:www.ao-careggi.toscana.it/microbiologia/CRRM/ITAL/epi.htm
Epidemiologia molecolareEpidemiologia molecolare
Ricerca di marcatori, all’interno del Ricerca di marcatori, all’interno del genoma del microorganismo, dotati di genoma del microorganismo, dotati di specificità di ceppo specificità di ceppo
Permette di ricostruire i flussi Permette di ricostruire i flussi epidemiciepidemici
Permette di raggruppare i ceppi in Permette di raggruppare i ceppi in grandi “famiglie” che riflettono il grandi “famiglie” che riflettono il cammino dell’evoluzionecammino dell’evoluzione
Fingerprinting in base al ISFingerprinting in base al IS61106110
Alcuni pattern RFLPAlcuni pattern RFLP
RFLP: anno 2002RFLP: anno 2002
Ceppi raccolti: 245Ceppi raccolti: 245 Pattern RFLP: 215Pattern RFLP: 215 ClusterCluster
– di 2 ceppi: 19di 2 ceppi: 19– di 3 ceppi: 3di 3 ceppi: 3– di 4 ceppi: 1di 4 ceppi: 1
Nessun focolaio epidemicoNessun focolaio epidemico Tre contaminazioni di laboratorioTre contaminazioni di laboratorio
Il locus DR (direct repeat)Il locus DR (direct repeat)
Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate Da 9 a 50 sequenze ripetute di 36 bp (DR) inframmezzate da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)da sequenze non ripetute di 35-41 bp (spaziatori)
DRDR DR DR DR DR DR1
1
2
2
4
4
5
5
6
6
H37Rv3
3
1 5 10 15 20 25 30 35 40
1
1
2
2
4
4
5
5
6
6
DR DR DR DR DR DR BCG
spaziatore
DR
Il locus DRIl locus DR
SpoligotypingSpoligotyping
5 10 15 20 25 30 35 40
BCG
H37Rv
X
I ceppi BeijingI ceppi Beijing
I ceppi della famiglia Beijing hanno I ceppi della famiglia Beijing hanno soltanto gli spaziatori 35-43soltanto gli spaziatori 35-43
Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%Individuati 7 ceppi Beijing pari al 3%
H37Rv
Beijing
5 10 15 20 25 30 35 40
I ceppi BeijingI ceppi Beijing
1 5 10 15 20 25 30 35 40
804
836
763
952
669
884
974
I ceppi Beijing toscaniI ceppi Beijing toscani
SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese974974
SSSSSS RRn.t.n.t.PolmonarePolmonare--ItalianoItaliano952952
SSSSSSSSn.t.n.t.ExtrapolmonareExtrapolmonare++ItalianoItaliano884884
SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese836836
SSSSSSSSn.t.n.t.PolmonarePolmonare--CineseCinese804804
SSSSSSSSSSPolmonarePolmonare--CineseCinese763763
SSSSSSSSSSPolmonarePolmonare--CineseCinese669669
PZAPZAETHETHRIFRIFINHINHSTRSTR
Farmaco-resistenzaFarmaco-resistenzaTubercolosiTubercolosiHIVHIV
EtàEtà
SessoSessoPazientePaziente
IsolatoIsolato
No.No.
40/M
27/F
39/F
28/F
34/M
23/F
42/M
RFLP e spoligotypingRFLP e spoligotyping
RFLP: interessa l’intero cromosomaRFLP: interessa l’intero cromosoma– Alto potere discriminanteAlto potere discriminante– Impossibile l’impiego dell’amplificazioneImpossibile l’impiego dell’amplificazione
Spoligotyping: interessa una porzione Spoligotyping: interessa una porzione limitata de genomalimitata de genoma– Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo Ceppi diversi possono avere identico spoligotipo – Possibilità di ricorso all’amplificazionePossibilità di ricorso all’amplificazione
Possibile compromesso: esecuzione dello Possibile compromesso: esecuzione dello spoligotyping su tutti i ceppi e spoligotyping su tutti i ceppi e approfondimento mediante RFLP su quelli approfondimento mediante RFLP su quelli risultati identici o “interessanti”risultati identici o “interessanti”
Raccomandazioni finaliRaccomandazioni finali
Centralizzazione dell’esame colturale Centralizzazione dell’esame colturale nei Laboratori di II livellonei Laboratori di II livello
Coinvolgimento dei Laboratori che non Coinvolgimento dei Laboratori che non hanno ancora aderito allo studio hanno ancora aderito allo studio epidemiologicoepidemiologico
Esecuzione dell’antibiogramma su Esecuzione dell’antibiogramma su tutti i nuovi isolatitutti i nuovi isolati