Feroleto Antico (CZ) T Hotel 13, 14 e 15 marzo 2013
La Prevenzione delle Malattie
Trasmesse con gli Alimenti
C.Giraldi Microbiologia - Cosenza
ll ruolo del laboratorio di microbiologia clinica
Microbiologia Clinica
mission
DIAGNOSI INFEZIONE
identificazione agente eziologico e ATB
tempestività step by step dei risultati con il clinico
PROGRAMMI DI CONTROLLO DELLE INFEZIONI
epidemiologia nazionale ed internazionale
epidemiologia locale orientare le terapie empiriche
sorveglianza: “alert organisms”
Microbiologo clinico
mission
DIAGNOSI INFEZIONE
identificazione agente eziologico e ATB
tempestività step by step dei risultati con il clinico
PROGRAMMI DI CONTROLLO DELLE INFEZIONI
epidemiologia nazionale ed internazionale
epidemiologia locale orientare le terapie empiriche
sorveglianza: “alert organisms”
AGENTI EZIOLOGICI MTA
BATTERI Aeromonas hydrophila Bacillus cereus Brucella spp. Campylobacter spp. Clostridium botulinum Clostridium perfringens Escherichia coli spp E. coli enterotossigeno (ETEC) E. coli enteropatogeno (EPEC) E. coli enteroemorragico (EHEC) E. coli enteroinvasivo (EIEC) Listeria monocytogenes Mycobacterium bovis Salmonella typhi e S. paratyphi Salmonella (non-typhi) spp. Shigella spp. Staphylococcus aureus Vibrio cholerae O1 Vibrio parahaemolyticus Vibrio vulnificus Yersinia enterocolitica
VIRUS Virus dell’epatite A Virus dell’epatite E Virus piccoli, a struttura sferica (SRSV), inclusi i norovirus Poliovirus Rotavirus
PROTOZOI Cryptosporidium spp. Entamoeba histolytica Giardia lamblia Toxoplasma gondii Cyclospora cayetanensis
TREMATODI Clonorchis sinensis Fasciola hepatica Fasciolopsis buski Opisthorchis felineus Opisthorchis viverrini Paragonimus westermani
CESTODI Diphyllobothrium spp. Echinococcus spp. Taenia solium e T. saginata
NEMATODI Anisakis spp. Ascaris lumbricoides Trichinella spiralis Trichuris trichiura
TOSSINE NATURALI COMPOSTI CHIMICI
MTA caratteristiche cliniche dominanti
Nausea e vomito, senza febbre, entro 8 ore dal consumo del pasto Crampi addominali e diarrea, senza febbre, entro 24 ore dal consumo del pasto
Diarrea, spesso con febbre, con un periodo di incubazione da moderato a lungo
Malattie sistemiche
Botulismo
TEMPO DI COMPARSA SINTOMATOLOGIA GASTROENTERICA e/o SISTEMICA
FEBBRE
processi assistenziali
linee guida
percorsi clinico diagnostici
profili di cura
Gestione integrata di:
APPROPRIATEZZA NELLA
DIAGNOSTICA
Clinico Microbiologo
Gestione del processo analitico
Fase preanalitica
Fase analitica
Fase postanalitica
APPROPRIATEZZA NELLA DIAGNOSTICA
Realizzazione del prodotto/servizio
Microbiologo
MTA
FASE PRE-ANALITICA
D’ORGANO (GASTROENTERICA)
feci
vomito
altro
SISTEMICA
sangue
materiale purulento
siero per diagnostica indiretta
quali campioni?
MTA
PATOLOGIA D’ORGANO (GASTROENTERICA)
fase analitica
quali microorganismi ricercare?
laboratori di 1 -2 -3 livello
DIARREA INFETTIVA
Turba dell’alvo legata ad un episodio d’infezione a carico di intestino tenue e/o colon
DIARREA
COMUNITARIA
PERSISTENTE
PROTRATTA
ACUTA
DA TOSSINFEZIONE
IMMUNOCOMPROMESSO
NOSOCOMIALE
DEL
VIAGGIATORE
DIARREA DI ORIGINE INFETTIVA
20
09
A M C L I Associazione Microbiologi Clinici
Italiani
RIMINI 17-20 novembre 2009
PALACONGRESSI
XXXIIIV
CONGRESSO NAZIONALE
CO
NG
RES
SO N
AZI
ON
ALE
AM
CLI
Percorso diagnostico
Enteriti d’origine infettiva
a cura di: Stefano Andreoni
Revisori: Claudio Farina, Roberto Serra
Con la collaborazione di:
Gruppo di lavoro Nomenclatore e Percorsi
Diagnostici - GLNom
Coordinatore: Cristina Giraldi. Componenti:
Stefano Andreoni, Francesco Bernieri, Maria
Rosaria Capobianchi, Marina Crovatto, Claudio
Farina, Giovanni Gesu, Antonio Goglio, Tiziana
Lazzarotto, Enrico Magliano, Valeria Meroni,
Pierluigi Nicoletti, Alberto Spanò
DIARREA COMUNITARIA
DIARREA ACUTA
DIARREA LIEVE/ MODERATA < 5 giorni
NESSUNA INDAGINE
DIARREA MODERATA/SEVERA < 14 giorni
ADULTO/ ANZIANO
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter C.difficile
ETA’ PEDIATRICA e/o VOMITO
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter Virus enterici
Emocoltura : Salmonella, Listeria e/o Sierodiagnosi: Widal
FEBBRE
VOMITO E/O FECI EMATICHE
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter E.coli shiga like
DOLORE ADDOMINALE
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter Y.enterocolitica
coltura, immunodosaggio
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter C.difficile Virus enterici
DIARREA COMUNITARIA
DIARREA MODERATA/SEVERA > 14 giorni
DIARREA PROTRATTA
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter C.difficile Y. enterocolitica
DOLORE ADDOMINALE
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter C.difficile Protozoi Cryptosporidium
DIARREA PERSISTENTE
DIARREA MODERATA/SEVERA > 30 giorni
coltura, immunodosaggio, microscopia
DIARREA DEL VIAGGIATORE
DIARREA ACUTA
Ricerca di: Aeromonas Plesiomonas Vibrio spp.
Ingestione di acque contaminate, pesce, crudo, ostriche
Ricerca di: Salmonella Shigella Campylobacter E.coli shiga like Y.Enterocolitica
Ricerca di: Protozoi Cryptosporidium Elminti
DIARREA
ACQUOSA
Ricerca di: Vibrio cholerae*
*Solo per soggetti provenienti da aree endemiche coltura, immunodosaggio, microscopia
DIARREA PER SOSPETTA TOSSINFEZIONE ALIMENTARE
Feci – Alimenti – Vomito
Incubazione: 1-8 ore
Diarrea Vomito
Ricerca di:
S.aureus
vomito alimenti
alimenti
coltura
enterotossina
immunodosaggio, RPLA, PCR
Incubazione: 1-6 ore
Febbre Diarrea Vomito
Ricerca di: B.cereus
Incubazione: 6-24 ore
Crampi Diarrea Vomito
tossina emetica
alimenti
alimenti coltura
enterotossina
Diarrea Dolori addominali
Incubazione: 6-24 ore
Ricerca di: C.perfringens
feci alimenti
coltura
feci
conteggio spore fecali
enterotossina
MTA
PATOLOGIA D’ORGANO (GASTROENTERICA)
fase analitica
identificazione
feci sangue
siero
oltre 2.200 sierotipi (sierovarianti)
1.sierotipi ospiti-adattati, con il prototipo S.typhi (febbre tifoidea e febbri tifo-simili)
2.sierotipi ospiti-non adattati, quali S.typhimurium, S.enteritidis, S.panama, S.enterica (enterite acuta).
salmonella
feci
shigella
feci
Campylobacter
E.coli enteritogeni (6 gruppi)
• enterotossigeni (ETEC)
• enteroinvasivi (EIEC)
• enteroemorragici o verocitotossici (EHEC, EVEC)
• enteropatogeni (EPEC)
• enteroaggregativi (EAggEC)
• fortemente enteroadesivi (DAEC)
feci
feci
test n. % positivi
Ricerca virus
nelle feci 162 9.3
Rotavirus 5.5
Adenovirus 3.7
Astrovirus 0
Norovirus 0
test n. % positivi
Ricerca
parassiti 213 1.9
Giardia lamblia 0.5
Ascaris lumbricoide 0.5
Enterobius vermicularis 0.5
Schistosoma mansonii 0.5
AO Cosenza - UOC Microbiologia e Virologia Anno 2012
test n. % positivi
Coprocoltura 645 3.4
Salmonella spp. 2.3
Shigella 0.0
Campylobacter 1.0
Yersinia enterocolitica 0.0
MTA
SISTEMICA
fase analitica
MTA
FASE PRE-ANALITICA
D’ORGANO (GASTROENTERICA)
feci
vomito
altro
SISTEMICA
sangue
materiale purulento
siero per diagnostica indiretta
quali campioni?
EMOCOLTURA
isolamento colturale del microrganismo dal sangue
MTA
SEPSI
UNA SOLA LETTURA GIORNALIERA
EMOCOLTURA POSITIVA
SEMINA SU TERRENI DI COLTURA
IDENTIFICAZIONE
Iter diagnostico emocoltura
Gram + Gram -
o
INFORMAZIONI CLINICHE:
Se in terapia Quali antibiotici Portatore di valvole protesiche Sospetto di Infezione Ospedaliera (IO) Sospetto di Community-Acquired MTA (salmonella, brucella, listeria)
Bacilli Gram +
Identificazione
Antibiogramma
diretto
Bacilli Gram -
Microscopia e semina diretta
anche con EMO neg (brucella)
T incubazione
Antibiogramma diretto
due letture/die su 7 giorni
AO Cosenza - UOC Microbiologia e Virologia
SETTORE EMOCOLTURE
REPARTI
chirurgie neurochirurgia
nefrologia+centro trapianti pediatria
rianimazione
neonatologia medicine
geriatria
Anno 2012
Emocolture da sangue periferico: n.4239 Emocolture da CVC : n. 259
Emocolture POSITIVE da sangue periferico: n. 579 (14%) Emocolture POSITIVE da CVC : n. 93 (36%)
AO Cosenza - UOC Microbiologia e Virologia
SETTORE EMOCOLTURE 2012
2%
48% 43%
2% 5%
bb+
bb-
cocchi+
anaerobi
lieviti
Salmonella gr.C 0.2%
Listeria 0.2%
Femmina
Età 34 anni
Trapianto di rene 07/09/2012
caso clinico
Ricovero per:
Comparsa notturna di dolori addominali dopo ingestione di
formaggio fresco durante la cena
Diarrea e febbre dopo 12 ore
Diagnosi: sepsi da
Listeria monocytogenes
MICROBIOLOGIA
Emocolture positive
Colorazione Gram
Bacilli Gram +
Listeria monocytogenes
semina
SXT
E
AMP
PG
Kirby Bauer Eritromicina (E): Ø 26 mm S Cotrimossazolo (SXT): Ø 32 mm S
Etest Ampicillina (AMP): MIC 1 μg/ml S Penicillina G (PG): MIC 0.19 μg/ml S
Antibiogramma secondo i criteri EUCAST
Circolare
“sorveglianza, prevenzione e misure di controllo
del botulismo”
BOTULISMO un’intossicazione acuta, caratterizzata clinicamente dalla comparsa di una
SINDROME NEURO-PARALITICA dovuta all'azione della tossina elaborata da
ceppi neurotossigeni del genere Clostridium.
Clostridium botulinum
Clostridium barati (rari)
Clostridium butyricum (rari)
DIAGNOSI DI LABORATORIO
RICERCA DI CLOSTRIDI PRODUTTORI DI TOSSINE BOTULINICHE
metodo colturale-biotossicologico o molecolare
con identificazione dei geni codificanti le tossine
botuliniche (PCR) su campioni di siero e feci e/o
residui alimentari
prova biologica (Mouse Neutralization Test) su
campioni di siero e feci e/o residui alimentari
RICERCA DELLA TOSSINA BOTULINICA
MTA
FASE PRE-ANALITICA
D’ORGANO (GASTROENTERICA)
feci
vomito
altro
SISTEMICA
colture del sangue
materiale purulento
siero per diagnostica indiretta
quali campioni?
Maschio
Età 40 anni
Professione: impiegato
Ricovero in Medina Interna per:
Stato settico, febbre, mialgie
caso clinico
Ecografia: Ascesso epatico
AO Cosenza - Medicina Interna “A.Valentini” - Direttore Alfonso Noto
Maschio
Età 40 anni
Professione: impiegato
Ricovero per:
Stato settico, febbre, mialgie
caso clinico
MICROBIOLOGIA
Emocolture: negative
Coltura ed esame parassitologico del pus:
negativi
Feci per parassiti: negative
Pus, aspetto macroscopico:
colore pasta d’acciuga
suggestivo per: Entamoeba histolytica (Eh)
Anticorpi anti Eh (HA):
positivo ≥1/2500
Ecografia: Ascesso epatico
Diagnosi: ascesso da Entamoeba histolytica
test % positivi
WRIGHT (BRUCELLA)
•Test agglutinazione
•ELISA IgG, IgM
1.3
WIDAL (SALMONELLA)
•Test agglutinazione 0.7
ECHINOCOCCO
•HA e DOT BLOT 10.7
HAV (IgG+ IgM-)
•CLIA 50.6
HAV (IgG+ IgM+)
•CLIA 0.2
AO Cosenza - UOC Microbiologia e Virologia
2012 - Sieroimmunologia
Ruolo Microbiologo
mission
DIAGNOSI INFEZIONE
identificazione agente eziologico e ATB
tempestività step by step dei risultati con il clinico
PROGRAMMI DI CONTROLLO DELLE INFEZIONI
epidemiologia nazionale ed internazionale
epidemiologia locale orientare le terapie empiriche
sorveglianza: “alert organisms”
AZIENDA OSPEDALIERA COSENZA
EPIDEMIOLOGIA 2012
SU TUTTI I MICROORGANISMI
ISOLATI
0 5
10 15 20 25 30 35 40 45 50
E. coli
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
ESBL 22%
0
20
40
60
80
Klebsiella pneumoniae
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90
100
Pseudomonas aeruginosa
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
0
5
10
15
20
25
30
35
40
Staflococco aureo
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
ESBL 65%
CRE 22%
Azienda Ospedaliera di Cosenza UOC Microbiologia e Virologia Direttore dr. Cristina Giraldi
MRSA
35%
programma di sorveglianza delle infezioni
nosocomiali che identifica tempestivamente:
la circolazione di “germi sentinella”
la presenza di cluster o eventi epidemici
Alert organims
Alert organisms Report IFIC 2008
Microrganismi ad elevata diffusibilità e pericolosità
• S. pyogenes
• Legionella spp.
• Micobatteri
• Bacillus anthracis
• Aspergillus spp.
• Salmonella e Shigella
• Clostridium difficile
• Campylobacter
• Enterovirus
Microrganismi che possono diffondere resistenze agli antimicrobici Methicillin-resistent S.aureus (MRSA) Vancomycin-intermediate S.aureus (VISA) Vancomycin –resistent enterococci (VRE) MDR P.aeruginosa MDR A.baumannii MDR M.tuberculosis ESBL enterobacteria
Clostridium difficile
Richiede azioni immediate da parte del
Reparto di provenienza e del Gruppo Operativo CIO
Alert organims
0 10 20 30 40 50 60 70 80 90
Klebs
C.diffic
Acin
Pseud
MRSA
Proteu
Enterob
E.coli
Salmo
Enteroco
Campil
Legio
TBC
Listeria
S.gr.A
Klebs C.diffic Acin Pseud MRSA Proteu Enterob E.coli Salmo Enteroco Campil Legio TBC Listeria S.gr.A
ceppi 2012 63 7 39 35 37 11 0 42 8 2 1 0 1 1 1
ceppi 2011 59 5 58 34 52 24 6 81 8 5 6 3 0 1 0
microorganismi alert 2011-2012
Azienda Ospedaliera di Cosenza UOC Microbiologia e Virologia
Direttore dr. Cristina Giraldi
ALERT 2011-2012 UU.OO 2012 Klebs tos C.dif Acin Pseud MRSA Proteu Enterob E.coli Salmo Enteroco Campil Legio TBC LISTERIA STREP A tot
pediatria 11 2 4 6
pediatria 12 2 1 1 1 5
neuro 11 1 1 2
neuro 12 1 1 2 geriatria 11 4 1 5 1 3 5 2 9 1 31
geriatria 12 1 1 2 7 6 17
nefro 11 1 5 12 3 18 1 1 41
nefro 12 3 3 2 6 5 1 1 21
med int 11 4 1 4 5 7 5 21 4 1 52
med int 12 3 3 2 4 2 6 2 22
reuma 11 2 10 2 2 3 1 20
reuma 12 3 4 1 4 4 3 1 20
m.inf 11 2 2 2 1 2 1 1 1 2 14
m.inf 12 1 1 2 3 1 8
emato 11 1 1 2
emato 12 1 1 2 4
med urg 11 1 2 2 6 11
med urg 12 1 1 2
cardio 11 1 1 2 1 5
cardio 12 2 3 5
gastro 11 2 1 2 4 1 1 11
gastro 12 1 4 2 1 1 1 1 11
ch doc 11 1 1 2
ch doc 12 2 1 1 1 2 7
ch vasc 11 1 2 1 4
ch vasc 12 2 1 1 1 2 7
uro 11 1 1 1 1 4
uro 12 1 1 1 3
ort 11 1 3 4 1 1 1 11 ort 12 1 1
neuro ch 11 4 3 2 11 1 2 1 24
neuroch 12 6 8 5 7 1 2 1 30
ch ped 11 4 2 5 11
ch ped 12 1 1
rian 11 18 23 12 5 3 1 6 1 69
rian 12 23 2 13 16 3 1 5 1 64
neon 11 17 3 1 21
neona 12 17 1 18
Azienda Ospedaliera di Cosenza UOC Microbiologia e Virologia
Direttore dr. Cristina Giraldi
Feroleto Antico (CZ) T Hotel 13, 14 e 15 marzo 2013
La Prevenzione delle Malattie
Trasmesse con gli Alimenti
grazie
