+ All Categories
Home > Documents > Metodi per la ricerca bibliografica e gestione della ... ed Informatica... · Medical Subject...

Metodi per la ricerca bibliografica e gestione della ... ed Informatica... · Medical Subject...

Date post: 18-Feb-2019
Category:
Upload: vunhi
View: 217 times
Download: 0 times
Share this document with a friend
44
Metodi per la ricerca bibliografica e gestione della bibliografia BIOINGEGNERIA ED INFORMATICA MEDICA Lezione Pratica III - BioIngInfMed 1 17/12/2012
Transcript

Metodi per la ricerca bibliografica

e gestione della bibliografia

BIOINGEGNERIA ED INFORMATICA MEDICA

Lezione Pratica III - BioIngInfMed 1 17122012

Cosrsquoegrave la bibliometria

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 2

La bibliometria egrave una scienza che

utilizza tecniche matematiche e statistiche

per

analizzare i modelli di distribuzione delle

pubblicazioni scientifiche

verificare il loro impatto allinterno delle

comunitagrave scientifiche

La valutazione della produzione

scientifica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3

Si distinguono due diversi metodi di valutazione della

produzione scientifica

Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione

della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per

verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva

pubblicazione su riviste specializzate

focus -gt contenuto

Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni

quantitative tra i documenti basandosi principalmente

sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche

focus -gt non sul contenuto

Le basi

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4

Si parte dal presupposto che

Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha

preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia

professionale

Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto

di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di

riferimento

La peculiaritagrave della ricerca citazionale

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Cosrsquoegrave la bibliometria

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 2

La bibliometria egrave una scienza che

utilizza tecniche matematiche e statistiche

per

analizzare i modelli di distribuzione delle

pubblicazioni scientifiche

verificare il loro impatto allinterno delle

comunitagrave scientifiche

La valutazione della produzione

scientifica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3

Si distinguono due diversi metodi di valutazione della

produzione scientifica

Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione

della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per

verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva

pubblicazione su riviste specializzate

focus -gt contenuto

Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni

quantitative tra i documenti basandosi principalmente

sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche

focus -gt non sul contenuto

Le basi

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4

Si parte dal presupposto che

Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha

preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia

professionale

Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto

di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di

riferimento

La peculiaritagrave della ricerca citazionale

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La valutazione della produzione

scientifica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3

Si distinguono due diversi metodi di valutazione della

produzione scientifica

Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione

della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per

verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva

pubblicazione su riviste specializzate

focus -gt contenuto

Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni

quantitative tra i documenti basandosi principalmente

sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche

focus -gt non sul contenuto

Le basi

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4

Si parte dal presupposto che

Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha

preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia

professionale

Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto

di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di

riferimento

La peculiaritagrave della ricerca citazionale

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Le basi

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4

Si parte dal presupposto che

Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha

preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia

professionale

Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto

di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di

riferimento

La peculiaritagrave della ricerca citazionale

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La peculiaritagrave della ricerca citazionale

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Le banche dati citazionali

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6

Google Scholar (motore di ricerca)

PubMed

Web of science JOURNAL CITATION

REPORT ISI ndash WoS

Scopus

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7

Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista

5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)

Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista

Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Indicatori

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8

Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70

H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)

Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo

contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9

IMPACT FACTOR (e

derivati)

Garfield ldquoIrving H Sher and I

created the journal impact

factor to help select

additional source journals(1)rdquo

non considera le pratiche

citazionali di aree disciplinari

diverse

non viene considerata la

tipologia di articolo citato (es

le revisioni normalmente piugrave

citate)

H-index (e derivati)

calcolato in base

allrsquoimportanza dellrsquoimpatto

delle riviste o degli articoli e

non in base alla loro quantitagrave

non include le auto-citazioni

nel calcolo

si puograve calcolare sia per il

singolo ricercatore sia per un

gruppo di ricercatori

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

A ciascuno il suo

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10

IMPACT FACTOR (e derivati)

sussiste una disparitagrave tra

numeratore e denominatore

(questrsquoultimo include articoli

note e rassegne ma al

numeratore le citazioni vengono

fatte su tutti i tipi di documenti)

si presta ad usi fraudolenti

(creando cosigrave distorsioni sul

reale valore di una rivista es

auto-citazioni alla rivista o al

gruppo editoriale auto-citazioni

tra gruppi in accordo tra loro

etc)

la sua fortunala semplicitagrave di

calcolo

H-index (e derivati)

penalizzati i ricercatori che

hanno avuto una carriera

lavorativa breve

non esamina il contesto della

citazione (es citazione in

introduzione)

non distingue gli articoli

pubblicati da un singolo autore e

quelli scritti da un gruppo di

ricercatori

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Le banche dati citazionali sono utili nella

ricerca bibliografica in particolare

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11

A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo

B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano

tra varie discipline

C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro

D Chi ha citato un certo lavoro

E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di

ricerca

F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca

bibliografica

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12

Formulazione del quesito

Scelta dei termini

Impostazione della strategia

di ricerca

Uso degli operatori booleani

Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca

(filtri limitihellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Operatori booleani

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Google Scholar per la ricerca bibliografica

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14

httpscholargooglecom

fornisce letteratura accademica articoliabstract da

riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori

accademici societagrave professionali universitagrave ed

organizzazioni scientifiche

possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced

Scholar Search

il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore

e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave

rilevanti compaiono per primi

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Home page

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Prima ricerca argomento

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16

Possibile ordinarli in base data di

pubblicazione e non solo rilevanza

Numero di

citazioni ricevute

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Ricerca per autore

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Ricerca per specifica lingua

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Ricerca avanzata

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Operatori avanzati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20

Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google

Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]

Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]

La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]

L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]

L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

National Center for Biotechnology

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21

Information National Library of Medicine - National

Institutes of Health (USA)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

httpwwwncbinlmnihgov

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22

Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica

ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri

httpwwwncbinlmnihgovgquery

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24

Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)

La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani

Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca

In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Entrez Global Query Cross-Database

Search System

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26

Tipologia Base dati bibliografica

Accesso Libero e gratuito

Lingua Inglese

Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National

Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)

Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi

in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave

e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i

periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70

paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)

La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto

da medici editori e bibliotecari

PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli

editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Componenti di PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27

MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)

OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)

PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE

Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)

PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)

Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE

ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

PubMed

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28

Machera di ricerca

Guide

Tutorial

Novitagrave

Informazionihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Strumenti

Ricerche specialihellip

Risorse aggiuntive

Altri database (es Mesh)

Link a risorse esternehellip

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Single Citation Matcher

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29

Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della

citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano

almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi

comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno

ecc

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il Record Bibliografico 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30

Source Fonte

Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine

Codice Identificativo Univoco

Puograve essere usato come chiave di ricerca

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il Record Bibliografico 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31

Medical Subject Headings

Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di

esperti medici e documentalisti con un

processo completamente manuale

I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono

essere utilizzati per impostare ulteriori

ricerche

Tipologia di pubblicazione

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La Ricerca 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32

Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record

sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi

gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e

consente un alto grado di raffinamento dei risultati

Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella

banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo

NB Le due tipologie di ricerca sono

complementari

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La Ricerca 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33

Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings

26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari

I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)

Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli

I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici

Il Mesh Database

Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il Mesh Database 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il MeSH Database 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35

Definizione del termine anno di introduzione

Qualificatori

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il MeSH Database 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36

-Restringi allrsquoargomento principale =

verranno reperiti gli articoli in cui il termine

egrave stato indicato come concetto principale

-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno

esclusi dalla ricerca tutti i termini

sottordinati

Due importanti strumenti per rendere piugrave

precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo

Struttura gerarchica

ldquoTree Structurerdquo

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Il MeSH Database 4

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37

Selezionare gli eventuali qualificatori

Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal

menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo

possibile combinare piugrave termini

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Raffinare la ricerca Filtri

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38

E possibile filtrare la ricerca per

Data di pubblicazione

Tipologia di pubblicazione

Lingua

Specie

Genere

Etagrave

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La Ricerca Libera 1

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39

Una ricerca piugrave ampia

Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo

abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di

recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)

Una ricerca meno precisa

Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato

dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del

singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande

aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La Ricerca Libera 2

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40

Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi

Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)

Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase

Ricerca per Titolo di Rivista

ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

La Ricerca Libera 3

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41

Troncamento =

Operatori Booleani = AND OR NOT

Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche

con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di

pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave

del full-text

Esempio

hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR

therapeut OR control OR prevention OR preventive OR

prevent)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Ampliare la ricerca

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42

Gli articoli sono correlati attraverso la

comparazione delle parole di titolo e abstract e

dei termini MeSH

Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono

ordinati -caso unico- per rilevanza e non per

data

Sono un ottimo strumento per ampliare la

ricerca ma attenzione a non perdersi

Ad ogni articolo vengono associati link ad altre

risorse bibliografiche e fattuali

Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed

fornisce il link al testo pieno che puograve essere

-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)

- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Gestire i risultati

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43

La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile

archiviare fino a 500 record per tutta la durata della

sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima

operazione

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)

Gestione della bibliografia

17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44

Esistono diversi strumenti per gestire la propria

bibliografia

Ci soffermiamo su due applicativi

Mendeley

Zetero

Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di

poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi

articolo scientificohellip)


Recommended