Metodi per la ricerca bibliografica
e gestione della bibliografia
BIOINGEGNERIA ED INFORMATICA MEDICA
Lezione Pratica III - BioIngInfMed 1 17122012
Cosrsquoegrave la bibliometria
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 2
La bibliometria egrave una scienza che
utilizza tecniche matematiche e statistiche
per
analizzare i modelli di distribuzione delle
pubblicazioni scientifiche
verificare il loro impatto allinterno delle
comunitagrave scientifiche
La valutazione della produzione
scientifica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3
Si distinguono due diversi metodi di valutazione della
produzione scientifica
Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione
della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per
verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva
pubblicazione su riviste specializzate
focus -gt contenuto
Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni
quantitative tra i documenti basandosi principalmente
sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche
focus -gt non sul contenuto
Le basi
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4
Si parte dal presupposto che
Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha
preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia
professionale
Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto
di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di
riferimento
La peculiaritagrave della ricerca citazionale
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Cosrsquoegrave la bibliometria
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 2
La bibliometria egrave una scienza che
utilizza tecniche matematiche e statistiche
per
analizzare i modelli di distribuzione delle
pubblicazioni scientifiche
verificare il loro impatto allinterno delle
comunitagrave scientifiche
La valutazione della produzione
scientifica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3
Si distinguono due diversi metodi di valutazione della
produzione scientifica
Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione
della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per
verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva
pubblicazione su riviste specializzate
focus -gt contenuto
Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni
quantitative tra i documenti basandosi principalmente
sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche
focus -gt non sul contenuto
Le basi
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4
Si parte dal presupposto che
Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha
preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia
professionale
Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto
di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di
riferimento
La peculiaritagrave della ricerca citazionale
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La valutazione della produzione
scientifica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 3
Si distinguono due diversi metodi di valutazione della
produzione scientifica
Qualitativo -gtla cosiddetta peer reviewing valutazione
della qualitagrave di un paper fatta da specialisti del settore per
verificarne leventuale idoneitagrave alla successiva
pubblicazione su riviste specializzate
focus -gt contenuto
Quantitativo -gt mira ad estrapolare le relazioni
quantitative tra i documenti basandosi principalmente
sullrsquoanalisi quantitativa delle citazioni bibliografiche
focus -gt non sul contenuto
Le basi
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4
Si parte dal presupposto che
Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha
preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia
professionale
Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto
di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di
riferimento
La peculiaritagrave della ricerca citazionale
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Le basi
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 4
Si parte dal presupposto che
Chi cita riconosce lrsquoereditagrave ricevuta da chi lrsquoha
preceduto (paternitagrave intellettuale) -gt deontologia
professionale
Il numero di citazioni egrave un indicatore dellrsquoimpatto
di un paper allrsquointerno della comunitagrave scientifica di
riferimento
La peculiaritagrave della ricerca citazionale
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La peculiaritagrave della ricerca citazionale
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 5
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Le banche dati citazionali
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 6
Google Scholar (motore di ricerca)
PubMed
Web of science JOURNAL CITATION
REPORT ISI ndash WoS
Scopus
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 7
Impact factor rapporto tra le citazioni agli articoli pubblicati da una certa rivista nel biennio precedente allrsquoanno preso in considerazione e il totale degli articoli pubblicati da quella stessa rivista
5‐Year impact factor calcolato sulla base dei 5 anni precedenti per venire incontro alle esigenze di alcune discipline (es scienze matematiche)
Eigenfactor calcolo basato sul numero di citazioni ricevute nel corso degli ultimi 5 anni (tiene conto che alcune discipline ricevono citazioni piugrave tardi rispetto a altre) Ispirato allrsquoalgoritmo Page Rank di Google una rivista risulta essere importante se egrave citata da altre riviste influenti Sono eliminate le auto‐citazioni alla stessa rivista
Immediacy Index calcola quanto velocemente vengono citati gli articoli pubblicati in un certa rivista Si calcola dividendo il numero di citazioni agli articoli pubblicati in un certo anno per il numero di articoli pubblicati in quello stesso anno
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Indicatori
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 8
Cited half life calcola lrsquoetagrave mediana degli articoli misura il numero di anni impiegati dagli articoli di una rivista per arrivare a raggiungere il 50 del totale delle citazioni dellrsquoanno in corso es gli articoli pubblicati sulla rivista Crystal Research and Technology nel periodo 1995‐2001 rappresentano il 50 di tutte le citazioni di quella rivista nellrsquoanno 2001 quindi cited half‐life 2001 = 70
H Index o indice di Hirsch (proposto nel 2005 da Jorge E Hirsch) quantifica la prolificitagrave e lrsquoimpatto del lavoro degli scienziati basandosi sul numero delle loro pubblicazioni ed il numero di citazioni ricevute determinando il numero N tra gli articoli pubblicati che hanno almeno N citazioni ciascuno (es h‐index 13 significa che quellrsquoautore ha pubblicato almeno 13 articoli che hanno ricevuto almeno 13 citazioni ciascuno)
Si propone di prescindere da singoli articoli di grande successo
contestualizzare lrsquoeccezionale prolificitagrave di autori che hanno perograve prodotto solo articoli di scarso interesse
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 9
IMPACT FACTOR (e
derivati)
Garfield ldquoIrving H Sher and I
created the journal impact
factor to help select
additional source journals(1)rdquo
non considera le pratiche
citazionali di aree disciplinari
diverse
non viene considerata la
tipologia di articolo citato (es
le revisioni normalmente piugrave
citate)
H-index (e derivati)
calcolato in base
allrsquoimportanza dellrsquoimpatto
delle riviste o degli articoli e
non in base alla loro quantitagrave
non include le auto-citazioni
nel calcolo
si puograve calcolare sia per il
singolo ricercatore sia per un
gruppo di ricercatori
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
A ciascuno il suo
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 10
IMPACT FACTOR (e derivati)
sussiste una disparitagrave tra
numeratore e denominatore
(questrsquoultimo include articoli
note e rassegne ma al
numeratore le citazioni vengono
fatte su tutti i tipi di documenti)
si presta ad usi fraudolenti
(creando cosigrave distorsioni sul
reale valore di una rivista es
auto-citazioni alla rivista o al
gruppo editoriale auto-citazioni
tra gruppi in accordo tra loro
etc)
la sua fortunala semplicitagrave di
calcolo
H-index (e derivati)
penalizzati i ricercatori che
hanno avuto una carriera
lavorativa breve
non esamina il contesto della
citazione (es citazione in
introduzione)
non distingue gli articoli
pubblicati da un singolo autore e
quelli scritti da un gruppo di
ricercatori
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Le banche dati citazionali sono utili nella
ricerca bibliografica in particolare
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 11
A Quali sviluppi sono associati ad un certo articolo
B Dove posso cercare articoli su argomenti che spaziano
tra varie discipline
C Dove posso trovare una revisione ad un certo libro
D Chi ha citato un certo lavoro
E Quali articoli vengono pubblicati nel mia unitagrave di
ricerca
F Last not least hellipcome posso ampliare la mia ricerca
bibliografica
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Dal Quesito alla Ricerca Bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 12
Formulazione del quesito
Scelta dei termini
Impostazione della strategia
di ricerca
Uso degli operatori booleani
Uso degli strumenti di raffinamento della ricerca
(filtri limitihellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Operatori booleani
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 13
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Google Scholar per la ricerca bibliografica
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 14
httpscholargooglecom
fornisce letteratura accademica articoliabstract da
riviste peer‐reviewed tesi libri prodotti da editori
accademici societagrave professionali universitagrave ed
organizzazioni scientifiche
possibilitagrave di personalizzare la ricerca da Advanced
Scholar Search
il ranking egrave basato sulla rilevanza dellrsquoarticolo dellrsquoautore
e sulla frequenza con cui egrave stato citato I risultati piugrave
rilevanti compaiono per primi
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Home page
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 15
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Prima ricerca argomento
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 16
Possibile ordinarli in base data di
pubblicazione e non solo rilevanza
Numero di
citazioni ricevute
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Ricerca per autore
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 17
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Ricerca per specifica lingua
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 18
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Ricerca avanzata
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 19
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Operatori avanzati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 20
Google Scholar supporta anche la maggior parte degli operatori avanzati della funzione di ricerca web di Google
Loperatore + consente di includere nei risultati parole lettere o numeri comuni che di solito vengono ignorati dalla tecnologia di ricerca Google ad esempio in [+de knuth]
Loperatore - esclude tutti i risultati che includono questo termine di ricerca come in [fiori-autorefiori]
La ricerca a frase restituisce solo i risultati che includono la frase esatta come in [as you like it]
L operatore OR restituisce i risultati che includono uno dei tuoi termini di ricerca come in [opzione acquisto OR vendita]
L operatore intitle come in [intitlemarte] restituisce solo i risultati che includono il tuo termine di ricerca nel titolo del documento
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
National Center for Biotechnology
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 21
Information National Library of Medicine - National
Institutes of Health (USA)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
httpwwwncbinlmnihgov
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 22
Nato nel 1988 come risorsa nazionale per la biologia molecolare NCBI implementa e gestisce database ad accesso libero conduce ricerche di biologia computazionale sviluppa strumenti informatici per analizzare i dati del genoma e si occupa della disseminazione dellrsquoinformazione biomedica
ENTREZ egrave il sistema integrato per la ricerca e il recupero dellrsquoinformazione usato da NCBI per i principali database tra cui PubMed OMIM Nucleotide and Protein Sequences Protein Structures Complete Genomes PubChem Taxonomy ed altri
httpwwwncbinlmnihgovgquery
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 23
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 24
Attraverso questa pagina di ENTREZ egrave possibile lanciare una ricerca simultanea su un gruppo di 38 database (oppure accedere alla maschera di interrogazione di ognuno di essi usando la pagina come una directory)
La stringa di ricerca puograve consistere in uno o piugrave termini in linguaggio naturale egrave possibile usare gli operatori booleani
Accanto allrsquoiconanome di ogni database compare il numero di record trovati selezionandolo lrsquoutente puograve visualizzare i record ed eventualmente proseguire la ricerca
In caso di risposta totalmente negativa (nessun termine trovato) o parziale (uno o piugrave termini non trovati) lo sfondo della casella di risultato egrave grigio e in ogni database saragrave possibile vedere il dettaglio degli esiti della ricerca
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Entrez Global Query Cross-Database
Search System
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 25
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 26
Tipologia Base dati bibliografica
Accesso Libero e gratuito
Lingua Inglese
Produttori National Center for Biotechnology Information (NCBI) National
Library of Medicine (NLM) National Institutes of Health (NIH)
Contenuto Piugrave di 21 milioni di citazioni di articoli biomedici dal 1946 ad oggi
in vari settori medicina odontoiatria infermieristica medicina veterinaria sanitagrave
e scienze precliniche La maggior parte degli articoli egrave in lingua inglese i
periodici indicizzati sono circa 5400 pubblicati negli Stati Uniti e in altri 70
paesi Lrsquoaggiornamento egrave quotidiano (ca 33000 nuove citazioni al mese)
La selezione dei documenti da indicizzare viene fatta da un comitato composto
da medici editori e bibliotecari
PubMed consente lrsquoaccesso agli articoli disponibili in full text sui siti web degli
editori e ad altre risorse web collegate (libri localizzazione delle riviste ecc)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Componenti di PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 27
MEDLINE la principale base dati bibliografica per la biomedicina (circa 20 milioni di record dal 1966 ad oggi)
OLDMEDLINE recupero retrospettivo a partire dal 1965 (nel 2010 sono stati inseriti i record del 1946)
PREMEDLINE (Record ldquoin progressrdquo) citazioni in attesa di essere passate al vaglio per la definitiva indicizzazione su MEDLINE
Out-of scope citations citazioni da riviste di scienze e chimica che contengono articoli indicizzati in MEDLINE (es ldquoSciencerdquo)
PubMed Central citazioni degli articoli in full-text inviati a PMC da varie riviste (MEDLINE e non-MEDLINE)
Citazioni da altri database HealthSTAR AIDSLINE HISTLINE SPACELINE BIOETHICSLINE
ldquoAhead of printrdquo or ldquoepubrdquo citations citazioni di articoli elettronici in attesa di essere pubblicati su riviste cartacee
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
PubMed
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 28
Machera di ricerca
Guide
Tutorial
Novitagrave
Informazionihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Strumenti
Ricerche specialihellip
Risorse aggiuntive
Altri database (es Mesh)
Link a risorse esternehellip
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Single Citation Matcher
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 29
Single Citation Matcher una maschera di ricerca con tutti i campi della
citazione Serve per trovare rapidamente una citazione di cui si conoscano
almeno alcuni elementi o un gruppo di citazioni a partire da elementi
comuni es gli articoli pubblicati su una data rivista in un determinato anno
ecc
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il Record Bibliografico 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 30
Source Fonte
Titolo della Rivista Anno mese Volume (Fascicolo) Pagine
Codice Identificativo Univoco
Puograve essere usato come chiave di ricerca
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il Record Bibliografico 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 31
Medical Subject Headings
Descrittori assegnati allrsquoarticolo da un team di
esperti medici e documentalisti con un
processo completamente manuale
I Mesh sono a loro volta cliccabili e possono
essere utilizzati per impostare ulteriori
ricerche
Tipologia di pubblicazione
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La Ricerca 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 32
Ricerca con i Descrittori funziona solo sui record
sottoposti al processo di indicizzazione ne sono esclusi
gli articoli piugrave recenti ma egrave estremamente precisa e
consente un alto grado di raffinamento dei risultati
Ricerca Libera funziona su tutti i record inseriti nella
banca dati ma egrave meno precisa genera piugrave ldquorumorerdquo
NB Le due tipologie di ricerca sono
complementari
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La Ricerca 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 33
Ricerca per descrittore i MeSH - Medical Subject Headings
26142 descrittori principali ca 177000 entry terms piugrave di 199000 voci supplementari
I MeSH costituiscono un dizionario di termini controllati strutturato gerarchicamente (Struttura ad albero)
Il tesauro egrave usato dalla National Library of Medicine per lrsquoindicizzazione degli articoli
I Mesh vengono usati anche da altre basi dati (es Cochrane Library) e considerati a livello internazionale la nfonte piugrave autorevole per lrsquoindicizzazione dei documenti biomedici
Il Mesh Database
Ogni termine egrave corredato da una definizione dalla struttura gerarchica (termini sovraordinati e sottordinati) dalle qualificazioni (Subheadings) una volta scelto il termine egrave possibile inserirlo direttamente in una maschera di ricerca (PubMed Search Builder) con lrsquooperatore adeguato e ripetere la ricerca e la selezione di tutti i termini necessari a questo punto egrave possibile lanciare la ricerca attraverso il pulsante ldquosearch PubMedrdquo
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il Mesh Database 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 34
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il MeSH Database 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 35
Definizione del termine anno di introduzione
Qualificatori
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il MeSH Database 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 36
-Restringi allrsquoargomento principale =
verranno reperiti gli articoli in cui il termine
egrave stato indicato come concetto principale
-Non ldquoesplodererdquo il termine = verranno
esclusi dalla ricerca tutti i termini
sottordinati
Due importanti strumenti per rendere piugrave
precisa la ricerca e limitare il ldquorichiamordquo
Struttura gerarchica
ldquoTree Structurerdquo
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Il MeSH Database 4
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 37
Selezionare gli eventuali qualificatori
Costruire la stringa di ricerca scegliendo dal
menugrave a tendina lrsquooperatore adeguato Ersquo
possibile combinare piugrave termini
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Raffinare la ricerca Filtri
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 38
E possibile filtrare la ricerca per
Data di pubblicazione
Tipologia di pubblicazione
Lingua
Specie
Genere
Etagrave
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La Ricerca Libera 1
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 39
Una ricerca piugrave ampia
Permette di ricercare i termini in ogni parte del record (titolo
abstract descrittori MeSH Titolo della rivistahellip ecc) e di
recuperare record non indicizzati (es i record recentissimi)
Una ricerca meno precisa
Non possiamo piugrave contare su un dizionario controllato
dobbiamo tenere conto delle varianti ortografiche del
singolareplurale e soprattutto dei SINONIMI Un grande
aiuto viene dai MeSH (entry terms termini correlati)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La Ricerca Libera 2
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 40
Ricerca libera tutti i termini inseriti vengono cercati in tutti i campi
Ricerca per Campi al termine si fa seguire il tag corrispondente ai campi di interesse ([au]=autore [ti]=titolo [tiab]= titolo ed abstract [so]= titolo della rivista ecc)
Ricerca per frase racchiudendo due o piugrave termini tra virgolette (ldquo ldquo) o facendoli seguire dal tag [tw] verranno cercati come frase
Ricerca per Titolo di Rivista
ldquoJournals in NCBI databasesrdquo permette di interrogare direttamente il catalogo della National Library of Medicine sui periodici indicizzati nei vari database del sistema NCBI Ricerca per Autore cognome + iniziali (es Caniggia A)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
La Ricerca Libera 3
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 41
Troncamento =
Operatori Booleani = AND OR NOT
Parentesi per stabilire un ordine di prioritagrave per ricerche
con piugrave termini e con piugrave operatori Limiti per data di
pubblicazione lingua presenza dellrsquoabstract disponibilitagrave
del full-text
Esempio
hypercholesterolem AND (therapy OR therapies OR
therapeut OR control OR prevention OR preventive OR
prevent)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Ampliare la ricerca
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 42
Gli articoli sono correlati attraverso la
comparazione delle parole di titolo e abstract e
dei termini MeSH
Vengono visualizzati i primi 5 risultati e sono
ordinati -caso unico- per rilevanza e non per
data
Sono un ottimo strumento per ampliare la
ricerca ma attenzione a non perdersi
Ad ogni articolo vengono associati link ad altre
risorse bibliografiche e fattuali
Quando esiste la versione elettronica dellrsquoarticolo PubMed
fornisce il link al testo pieno che puograve essere
-ldquoFreerdquo (liberamente accessibile)
- Ad accesso ristretto (abbonamento pay per view embargo)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Gestire i risultati
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 43
La Clipboard egrave una cartella temporanea in cui egrave possibile
archiviare fino a 500 record per tutta la durata della
sessione di lavoro e rimane attiva per 8 ore dallultima
operazione
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)
Gestione della bibliografia
17122012 Lezione Pratica III - BioIngInfMed 44
Esistono diversi strumenti per gestire la propria
bibliografia
Ci soffermiamo su due applicativi
Mendeley
Zetero
Permettono di gestire i propri documenti bibliografici e di
poter inserire citazioni allrsquointerno dei propri testi (es tesi
articolo scientificohellip)