MtpMolti p-value nella stessa analisi: necessità e metodi di correzione (Livio Finos)

Molti p-value nella stessa analisi:

necessita e metodi di correzione

Livio Finos

Una statistica piu consapevole per decisioni migliori

Dipartimento di Pedagogia, Psicologia e Filosofia

–

Universita degli Studi di Cagliari

24 Maggio 2013

Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi

Alcune considerazioni

2 FamilyWise Error Rate (FWER)

Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi

3 False Discovery Rate (FDR)

Definizione

Metodi

Santona et al. (2010)

Ad un campione di 221 coppie sono stati somministrati i seguenti

questionari self-report

• Experiences in Close Relationships Scale (ECRR) (Brennan e

Shaver, 1998)

• Dyadic Adjustment Scale (DAS) (Spanier, 1976, 2000)

76 di queste coppie si sono rese disponibili ad effettuare due

interviste semistrutturate:

• Adult Attachment Interview (AAI) (George, Kaplan e Main,

1985)

• Current Relationship Interview (CRI) (Treboux, Crowell,

Waters, 2003)

Experiences in Close Relationships Scale

(ECRR) 1

• Indaga i sentimenti e i comportamenti correlati

all’attaccamento

• 36 item su scala likert 1-5.

• suddivisi in 2 dimensioni:

• ansia: (18 item) Fattore correlato ad intensa preoccupazione

per le relazioni sentimentali, timore di essere abbandonati e

frequenti richieste al partner di maggior coinvolgimento.

• evitamento: (18 item) Fattore collegato a difficolta e disagio

ad avvicinarsi emotivamente e ad affidarsi al partner.

1Brennan e Shaver (1998), Fraley, Waller e Brennan (2000)

Dyadic Adjustment Scale (DAS) 2

• valuta l’adattamento di coppia sulla base della

rappresentazione che ciascun membro ha del proprio

rapporto, 42 item su scala likert 1-6.

• 4 dimensioni:

• consenso diadico: (13 item) grado di accordo dei partner su:

finanze, tempo libero, religione, amicizie, gestione della casa,

gestione del tempo condiviso.

• soddisfazione diadica: (10 item) felicita percepite dai

coniugi nel rapporto. Valutati la frequenza delle liti, il piacere

provato nello stare insieme, l’aver considerato o meno il

divorzio e/o la separazione.

• coesione diadica: (5 item) quantita di tempo che i partner

dedicano ad attivita comuni di piacere, quali interessi sociali,

dialogo, lavoro condiviso su un obiettivo comune.

• espressione affettiva: (4 item) modalita in cui i partner

comunicano i propri sentimenti, l’amore e la sessualita.

2Spanier (1976, 2000)

Adult Attachment Interview (AAI) 4

• Intervista semi-strutturata, valuta lo stato della mente

attuale rispetto alle esperienze di attaccamento.

• scale a 9 punti, articolate in due gruppi 3:

• 5 scale dell’esperienza soggettiva

• 11 scale dello stato della mente

• Sulla base di queste scale, al soggetto assegnata una

categoria: 3 Classificazioni

3Simonelli, Calvo (2005)4George, Kaplan e Main (1985)

Current Relationship Interview (CRI) 6

• Intervista semi-strutturata che consta di 15 domande, valuta

lo stato della mente adulto rispetto alle esperienze

sentimentali.

• 18 scale di valutazione (punteggi 1-9), che sono utilizzateper definire 5:

• il comportamento del partecipante ed i suoi pensieri nei

confronti di argomenti correlati con l’attaccamento,

• il comportamento del partner,

• lo stile narrativo del soggetto.

• Sulla base di queste scale, al soggetto assegnata una

categoria: 3 Classificazioni

5Santona, Zavattini (2007)6Treboux, Crowell, Waters (2003)

La domanda scientifica

La domanda: Donne e Uomini rispondono in modo differente?

Il metodo statistico: Confrontiamo i due generi su tutte le scale

e le classificazioni dello strumento

(test sui ranghi e dei segni, campioni appaiati).

• ipotesi nulla H0: i due generi sono UGUALI rispetto alla

specifica scala/classificazione

• ipotesi alternativa H1: i due generi sono DIVERSI rispetto

alla specifica scala/classificazione

• avremo quindi 2 (scale dell ECRR) + 4 (scale del DAS) + 3

(classificazioni del AAI) + 3 (classificazioni del CRI) =

=12 test complessivi.

Dubbio: necessario controllo della molteplicita?

Ulteriore Esempio: studi fMRI

Una mappa di attivita per ogni

soggetto

Ogni voxel (punto) produce un

p-value

L’output e solitamente una lista

dei voxel piu attivi

(sui migliaia testati)




soggetto


p-value







soggetto


p-value





Altri esempi

Cinematica

un Test per Ogni Parametro

Modelli di Regressione (LM e GLM)

Un t-test per ogni Coefficiente di Regressione

Anova

Tutti i Confronti a Coppie (post-hoc)

Ogni volta in cui l’analisi produce piu di un p-value


Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

Verifica di Ipotesi, Un solo test

Due Ipotesi a confronto

• H0: due gruppi sono Uguali, nessuna relazione tra X e Y ,

nulla da pubblicare :(

• H1: due gruppi sono Diversi, c’e relazione tra X e Y ,

pubblicabile :)

Ogni test produce un p-value p,

se p ≤ .05 (α = .05) rifiuto H0 (e propendo per H1)

Errori

• Tipo I (falso positivo): Rifiuto H0 quando e Vera

P(Errore Tipo I ) = P(p ≤ .05|H0) = .05

• Tipo II (falso negativo): Non Rifiuto H0 quando e Falsa

P(Errore Tipo II ) = P(p > .05|H1)Potenza:

P(p ≤ .05|H1) = 1− P(p > .05|H1)= 1− P(Errore tipo II )

Importanza asimmetrica degli errori

Controlliamo la P(Errore tipo I ) (es ≤ .05)

e cerchiamo il test con massima Potenza (minimo Errore tipo II )

Errori di Tipo I:

P(p ≤ .05|H0 = 2 gruppi Uguali) =?

p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xxx

t= −0.886 , p= 0.426

Errori di Tipo I:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xxx

t= −0.886 , p= 0.426

x xxx xx

t= 1.301 , p= 0.263

Errori di Tipo I:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xxx

t= −0.886 , p= 0.426

x xxx xx

t= 1.301 , p= 0.263

xx xxx x

t= 0.565 , p= 0.602

xx xxxx

t= 0.867 , p= 0.435

xxxx x x

t= 0.558 , p= 0.607

xx xxx x

t= 0.388 , p= 0.718

x x xxxx

t= 0.054 , p= 0.959

xxxx x x

t= −0.131 , p= 0.902

x xxx xx

t= 0.794 , p= 0.471

x xxx xx

t= 0.268 , p= 0.802

xx xxx x

t= 0.794 , p= 0.472

x xx xxx

t= −1.219 , p= 0.29

xxx xx x

t= −0.227 , p= 0.832

xxx x xx

t= 1.495 , p= 0.209

xx xx xx

t= 2.008 , p= 0.115

x xxx xx

t= −0.128 , p= 0.904

x xx xx x

t= −2.484 , p= 0.068

Errori di Tipo I:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xxx

t= −0.886 , p= 0.426

x xxx xx

t= 1.301 , p= 0.263

xx xxx x

t= 0.565 , p= 0.602

xx xxxx

t= 0.867 , p= 0.435

xxxx x x

t= 0.558 , p= 0.607

xx xxx x

t= 0.388 , p= 0.718

x x xxxx

t= 0.054 , p= 0.959

xxxx x x

t= −0.131 , p= 0.902

x xxx xx

t= 0.794 , p= 0.471

x xxx xx

t= 0.268 , p= 0.802

xx xxx x

t= 0.794 , p= 0.472

x xx xxx

t= −1.219 , p= 0.29

xxx xx x

t= −0.227 , p= 0.832

xxx x xx

t= 1.495 , p= 0.209

xx xx xx

t= 2.008 , p= 0.115

x xxx xx

t= −0.128 , p= 0.904

x xx xx x

t= −2.484 , p= 0.068

x xx xxx

t= −1.789 , p= 0.148

x xxx xx

t= 0.213 , p= 0.842

xxxx xx

t= 1.037 , p= 0.358

x xxxx x

t= −1.963 , p= 0.121

xxx x xx

t= 0.306 , p= 0.775

xx xx xx

t= 3.304 , p= 0.03

x xx xx x

t= −2.602 , p= 0.06

Errori di Tipo I:

P(p ≤ .05|H0 = 2 gruppi Uguali) = 0.05

p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xxx

t= −0.886 , p= 0.426

x xxx xx

t= 1.301 , p= 0.263

xx xxx x

t= 0.565 , p= 0.602

xx xxxx

t= 0.867 , p= 0.435

xxxx x x

t= 0.558 , p= 0.607

xx xxx x

t= 0.388 , p= 0.718

x x xxxx

t= 0.054 , p= 0.959

xxxx x x

t= −0.131 , p= 0.902

x xxx xx

t= 0.794 , p= 0.471

x xxx xx

t= 0.268 , p= 0.802

xx xxx x

t= 0.794 , p= 0.472

x xx xxx

t= −1.219 , p= 0.29

xxx xx x

t= −0.227 , p= 0.832

xxx x xx

t= 1.495 , p= 0.209

xx xx xx

t= 2.008 , p= 0.115

x xxx xx

t= −0.128 , p= 0.904

x xx xx x

t= −2.484 , p= 0.068

x xx xxx

t= −1.789 , p= 0.148

x xxx xx

t= 0.213 , p= 0.842

xxxx xx

t= 1.037 , p= 0.358

x xxxx x

t= −1.963 , p= 0.121

xxx x xx

t= 0.306 , p= 0.775

xx xx xx

t= 3.304 , p= 0.03

x xx xx x

t= −2.602 , p= 0.06

x x xxxx

t= 0.573 , p= 0.597

xxxxx x

t= 0.341 , p= 0.75

xxx xxx

t= −0.306 , p= 0.775

xxx xxx

t= −0.42 , p= 0.696

x x xx xx

t= 1.07 , p= 0.345

x x x xxx

t= −0.794 , p= 0.472

x xxx xx

t= 0.057 , p= 0.957

xx xx x x

t= 0.985 , p= 0.38

x xxx xx

t= 0.239 , p= 0.823

xx x xxx

t= 0.607 , p= 0.577

x xxxx x

t= −1.558 , p= 0.194

x xxx x x

t= −0.052 , p= 0.961

xx xxx x

t= −0.043 , p= 0.968

x xx xxx

t= −0.643 , p= 0.555

xxxx x x

t= 0.18 , p= 0.866

xx xx xx

t= 1.905 , p= 0.13

x xxx xx

t= 1.417 , p= 0.229

x xx xx x

t= −1.393 , p= 0.236

xx x xx x

t= −1.066 , p= 0.347

xx xxx x

t= 0.602 , p= 0.579

xxxx xx

t= 1.132 , p= 0.321

x xx xx x

t= −2.357 , p= 0.078

x xx xxx

t= −1.673 , p= 0.17

xxxx x x

t= 0.313 , p= 0.77

x xx xxx

t= 0.144 , p= 0.893

xx xxxx

t= 0.883 , p= 0.427

xx xx xx

t= 1.78 , p= 0.15

x xx x xx

t= −0.483 , p= 0.654

xx x xx x

t= −0.797 , p= 0.47

x x xxxx

t= 0.184 , p= 0.863

xxx xx x

t= −1.624 , p= 0.18

xx x xx x

t= −0.582 , p= 0.592

xxxx xx

t= 1.92 , p= 0.127

xxx x xx

t= 0.251 , p= 0.814

x xxxxx

t= 0.139 , p= 0.896

xxx xx x

t= −0.536 , p= 0.62

x xx x x x

t= −1.815 , p= 0.144

xxxx x x

t= 0.109 , p= 0.918

x xx xxx

t= −1.402 , p= 0.234

x xx xx x

t= −1.666 , p= 0.171

xxx xx x

t= −0.706 , p= 0.519

xx xxxx

t= 1.189 , p= 0.3

xxx x x x

t= −0.323 , p= 0.763

x xxxxx

t= −1.387 , p= 0.238

xx x x xx

t= 1.368 , p= 0.243

x x xxx x

t= −1.059 , p= 0.349

xx xx x x

t= 0.858 , p= 0.439

x xxxx x

t= −1.914 , p= 0.128

x x xx xx

t= 0.088 , p= 0.934

x xx xx x

t= −3.713 , p= 0.021

xx x x xx

t= 1.724 , p= 0.16

xxxxx x

t= 0.334 , p= 0.755

xx x xx x

t= −0.392 , p= 0.715

xxx xx x

t= −0.55 , p= 0.612

xxxx x x

t= 0.205 , p= 0.848

xx xx xx

t= 2.356 , p= 0.078

xx xx xx

t= 0.125 , p= 0.906

xxx xx x

t= −1.519 , p= 0.203

x x xx xx

t= 1.213 , p= 0.292

xx xxx x

t= 0.248 , p= 0.816

x xx x xx

t= 0.16 , p= 0.881

x xx xx x

t= −1.477 , p= 0.214

x xx xx x

t= −3.643 , p= 0.022

x xxx x x

t= −0.295 , p= 0.783

xxx xxx

t= −0.592 , p= 0.586

xx x xxx

t= 1.052 , p= 0.352

x xxx xx

t= 0.711 , p= 0.516

x xx xxx

t= −1.272 , p= 0.272

x x xxx x

t= −0.423 , p= 0.694

xxx x xx

t= 0.06 , p= 0.955

x xxxx x

t= −2.702 , p= 0.054

x xxx xx

t= −0.309 , p= 0.773

x xx xx x

t= −1.051 , p= 0.352

xxx xx x

t= −0.592 , p= 0.585

xx xx xx

t= 2.035 , p= 0.112

x xx x xx

t= −0.537 , p= 0.62

x xxxxx

t= −0.351 , p= 0.743

x x xxxx

t= 0.11 , p= 0.918

xx xxxx

t= 1.722 , p= 0.16

xxxx xx

t= 0.42 , p= 0.696

xx xxx x

t= 0.446 , p= 0.679

x xx xx x

t= −2.388 , p= 0.075

xxx xx x

t= −1.18 , p= 0.303

xx xx xx

t= 4.126 , p= 0.015

xx xx xx

t= 1.824 , p= 0.142

xx x xx x

t= 0.239 , p= 0.823

x xxxx x

t= −0.785 , p= 0.476

x xx xx x

t= −3.455 , p= 0.026

xx xx x x

t= 1.628 , p= 0.179

xx xx xx

t= 2.338 , p= 0.08

x xx x xx

t= 0.114 , p= 0.915

Potenza:

P(p ≤ .05|H1 = 2 gruppi Diversi)

p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

Potenza:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

x xx xx x

t= −3.154 , p= 0.034

Potenza:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

x xx xx x

t= −3.154 , p= 0.034

x x x xx x

t= −1.315 , p= 0.259

Potenza:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

x xx xx x

t= −3.154 , p= 0.034

x x x xx x

t= −1.315 , p= 0.259

x xx xxx

t= −1.276 , p= 0.271

x xx xx x

t= −2.499 , p= 0.067

x xx xx x

t= −2.085 , p= 0.105

x xx xx x

t= −3.521 , p= 0.024

x xx xx x

t= −3.347 , p= 0.029

x xx xx x

t= −2.411 , p= 0.073

x xx xx x

t= −1.662 , p= 0.172

xxx xx x

t= −1.4 , p= 0.234

Potenza:


p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

x xx xx x

t= −3.154 , p= 0.034

x x x xx x

t= −1.315 , p= 0.259

x xx xxx

t= −1.276 , p= 0.271

x xx xx x

t= −2.499 , p= 0.067

x xx xx x

t= −2.085 , p= 0.105

x xx xx x

t= −3.521 , p= 0.024

x xx xx x

t= −3.347 , p= 0.029

x xx xx x

t= −2.411 , p= 0.073

x xx xx x

t= −1.662 , p= 0.172

xxx xx x

t= −1.4 , p= 0.234

x xx xx x

t= −3.001 , p= 0.04

x xx xx x

t= −3.284 , p= 0.03

x xx xxx

t= −1.565 , p= 0.193

x xx xx x

t= −4.95 , p= 0.008

x xx xx x

t= −3.071 , p= 0.037

x xx xx x

t= −9.524 , p= 0.001

x xx xx x

t= −4.702 , p= 0.009

x xx xxx

t= −1.877 , p= 0.134

x xx xx x

t= −6.59 , p= 0.003

x xx xx x

t= −6.331 , p= 0.003

Potenza:

P(p ≤ .05|H1 = 2 gruppi Diversi)ad es: Potenza : P(p ≤ 0.05|H1) = 0.75

p−values

0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0

x xx xx x

t= −3.426 , p= 0.027

x xx xx x

t= −3.154 , p= 0.034

x x x xx x

t= −1.315 , p= 0.259

x xx xxx

t= −1.276 , p= 0.271

x xx xx x

t= −2.499 , p= 0.067

x xx xx x

t= −2.085 , p= 0.105

x xx xx x

t= −3.521 , p= 0.024

x xx xx x

t= −3.347 , p= 0.029

x xx xx x

t= −2.411 , p= 0.073

x xx xx x

t= −1.662 , p= 0.172

xxx xx x

t= −1.4 , p= 0.234

x xx xx x

t= −3.001 , p= 0.04

x xx xx x

t= −3.284 , p= 0.03

x xx xxx

t= −1.565 , p= 0.193

x xx xx x

t= −4.95 , p= 0.008

x xx xx x

t= −3.071 , p= 0.037

x xx xx x

t= −9.524 , p= 0.001

x xx xx x

t= −4.702 , p= 0.009

x xx xxx

t= −1.877 , p= 0.134

x xx xx x

t= −6.59 , p= 0.003

x xx xx x

t= −6.331 , p= 0.003

x xx xx x

t= −6.88 , p= 0.002

xxxxx x

t= −1.508 , p= 0.206

x xx xx x

t= −5.796 , p= 0.004

x x xxx x

t= −1.097 , p= 0.334

x xx xx x

t= −2.721 , p= 0.053

x xx xx x

t= −2.199 , p= 0.093

x xx xx x

t= −2.119 , p= 0.101

x xxxx x

t= −1.623 , p= 0.18

x xx xx x

t= −3.488 , p= 0.025

x xx xx x

t= −2.188 , p= 0.094

xxx xx x

t= −1.767 , p= 0.152

x xx x xx

t= −1.713 , p= 0.162

x xx xxx

t= −1.937 , p= 0.125

x xx xx x

t= −3.362 , p= 0.028

x xx x x x

t= −2.168 , p= 0.096

x xx xx x

t= −2.533 , p= 0.064

x xx xx x

t= −2.597 , p= 0.06

x xxx x x

t= −1.544 , p= 0.197

x xx x x x

t= −2.053 , p= 0.109

x xx xxx

t= −0.742 , p= 0.499

x xx xx x

t= −6.18 , p= 0.003

x xx xx x

t= −3.035 , p= 0.039

x xx xx x

t= −3.018 , p= 0.039

x xx xx x

t= −1.272 , p= 0.272

x xx xx x

t= −5.114 , p= 0.007

x xx xx x

t= −3.923 , p= 0.017

xxx xx x

t= −1.94 , p= 0.124

x xx xx x

t= −2.453 , p= 0.07

x xx xx x

t= −2.216 , p= 0.091

xx xxx x

t= −0.627 , p= 0.565

x xx xx x

t= −3.747 , p= 0.02

x xx xx x

t= −4.571 , p= 0.01

x xx xxx

t= −1.381 , p= 0.239

x xx xx x

t= −6.397 , p= 0.003

x xx xx x

t= −2.826 , p= 0.048

x xx xxx

t= −2.022 , p= 0.113

x xx x x x

t= −1.664 , p= 0.171

x xx xx x

t= −2.793 , p= 0.049

x xx xx x

t= −2.364 , p= 0.077

x xx xx x

t= −4.04 , p= 0.016

x xx xx x

t= −2.682 , p= 0.055

x xx xx x

t= −6.533 , p= 0.003

x xx xx x

t= −4.637 , p= 0.01

x xx xx x

t= −2.505 , p= 0.066

x xx xx x

t= −1.902 , p= 0.13

x xx xx x

t= −2.594 , p= 0.06

x xx xx x

t= −27.1 , p= 0

xxx xxx

t= −1.372 , p= 0.242

x xx xx x

t= −3.249 , p= 0.031

xxx x x x

t= −0.982 , p= 0.382

x xx xx x

t= −5.34 , p= 0.006

x xx xx x

t= −2.526 , p= 0.065

x xx xx x

t= −8.81 , p= 0.001

Errori di Tipo I, Due TestPropabilita di ALMENO un (falso) rifiuto?

p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.0 0.3 0.6 0.9

0.0

0.3

0.6

0.9


= .10 + .10− (.10 ∗ .10) = 1− (1− .10)2 = .19 = 1− (1− α)2

densità congiunta

p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.2

0.6

11.

4

Probabilita di falsi rifiuti

m p-value indipendenti

Se rifiuto l’ipotesi quando p ≤ α

Probabilita ALMENO un falso rifiuto

P = 1− (1− α)m

Nel nostro caso (se i p-value fossero indipendenti!)

P = 1− (1− α)12 = 0.4596

Errori di Tipo I per numero di test

0 20 40 60 80 100

0.0

0.2

0.4

0.6

0.8

1.0

number of hypothesis tests at level 0.05

prob

abili

ty o

f a fa

lse

reje

ctio

n

P-values Dipendenti

Quasi sempre nei dati reali

densità congiunta

p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.2

0.6

11.

4

P-values DipendentiQuasi sempre nei dati reali

P(Almeno un Falso Rifiuto)> (!)1− (1− α)2

densità congiunta

p−values test 1

p−va

lues

test

2

0.2

0.6

11.

4

Type I errors

Come definire l’errore di tipo I quando ci sono molte ipotesi?

Quali procedure controllano questo errore?

Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

FamilyWise Error Rate (FWER)

Probabilita di fare ALMENO un falso rifiuto

Diseguaglianza di Bonferroni

Riduce α

Rifiuta Hi se pi ≤ α/m (m = numero di ipotesi)

Controllo del FWER

FWER = P(

pi ≤ α/m per almeno una ipotesi i nulla vera)

≤∑

i∈{ipotesi nulle vere}

P(pi ≤ α/m)

≤ #{ipotesi nulle vere}α

m≤ α

Procedura di Bonferroni

Adjusted p-value = p-value· · · (# ipotesi nulle vere)

Rifiuta se adjusted p-value ≤ α

Vantaggi

• Molto facile

• Controlla il FWER sotto ogni dipendenza

Svantaggi

Conservativo (Adj. p-value molto alti, pochi rifiuti)

Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

Holm’s procedure7

1 Primo passo: adjusted p-value: p ·m; rifiuta se ≤ α2 Dopo r rifiuti, adjusted p-value: p · (m − r)

3 Stop appena non rifiuti nulla

Bonferroni

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?αpA5 pB 5 pC 5 pD5 pE 5

A B C D E

7Holm S. (1979) A simple sequentially rejective multiple test procedure.

Scandinavian Journal of Statistics; 6(2):65–70.

Holm’s procedure7



Supponiamo pA e pC significativi

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?αpA5 pB 5 pC 5 pD5 pE 5

A B C D E



Holm’s procedure7



Adjusted p-value: p · 3

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?α- pB 3 - pD3 pE 3

A

B

C

D E



Holm’s procedure7



Supponamo pD significativo

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?α- pB 3 - pD3 pE 3

A

B

C

D E



Holm’s procedure7



Adjusted p-value: p · 2

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?α- pB 2 - - pE 2

A

B

C D

E



Holm’s procedure7



Nessun rifuto. Stop

H \R :

R :

Adj. p-value: ≤?α- pB 2 - - pE 2

A

B

C D

E



Risultati Holm

p-value Adjusted p-value

ECRR: Ansia .217 1.000

ECRR: Evitamento .0015 .0165 *

DAS: Consenso .0072 .0648

DAS: Soddisfazione .0001 .0012 *

DAS: Coesione .0415 .2905

DAS: Espr.Affetti .0025 .0250 *

AAI: Sicuro .3545 1.000

AAI: Distanziante .0189 .1512

AAI: Preoccupato .1264 .7584

CRI: Sicuro .5856 1.000

CRI: Distanziante .5536 1.000

CRI: Preoccupato 1.000 1.000

Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

Closed Testing

Insieme Chiusura delle ipotesi (tutte le possibili intersezioni)

Ipotesi iniziali

A

A B C

Closed Testing

Test nodo superiore (es MANOVA)

Insieme chiusura

ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Test il nodo principale a livello α

αABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Supponiamo sia significativo

-ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Avanti

-

αα α

ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Verifica i successivi a livello α

-

α- -

ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Avanti

-

α- -

α

ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Identifica i significativi

-

α- -

-

ABC

AB AC BC

A B C

Closed Testing

Svantaggio: ipotesi testate diventano sono spesso troppe:

= 2#ipotesi − 1

Identifica i significativi

-

α- -

-

ABC

AB AC BC

A B C

Inheritance Procedure per ipotesi

strutturate (Goeman & Finos, 2012)

ECRR

[.0011]

AN

SIA

[1.0

00

]E

VIT

AM

EN

TO

[.0

18

0]

DAS

[.0003]

CO

NS

EN

SO

[.0

43

2]

SO

DD

ISF

AZ

ION

E[.

00

09

]C

OE

SIO

NE

[.1

24

5]

ES

PR

.A

FF

ET

TO

[.0

22

5]

AAI

[.0696]

Sic

uro

[1.0

00

]D

ista

nzi

an

te[.

07

56

]P

reo

ccu

pa

to[.

50

56

]

CRI

[1.000]

Sic

uro

[1.0

00

]D

ista

nzi

an

te[1

.00

0]

Pre

occ

up

ato

[1.0

00

]

global

[.0001]

Permutazioni

Westfall & Young min-P: simile a Holm, ma via permutazione

Vantaggi dei test di permutazione

• Meno assunzioni sulla distribuzione dei dati

• Gestisce le dipendenze tra test (e quindi p-values)

Svantaggi

Meno flessibile (applicabile) dei metodi di Massima

Verosimiglianza.

Gestire le dipendenze:

adjusted p-value piu bassi (piu rifiuti)

Quando?

correlazione Negativa: generalmente nessun guadagno

p-value Indipendenti: guadagno minimo o nullo

correlazione Positiva: guadagno usualmente alto

Come?

in R: library(flip); flip(); flip.adjust()

Dati Reali

Neuroscienza e psicometria solitamente producono correlazioni

positive tra p-value (significativo in un voxel/parametro/scala

implica significativo in un altro)

quindi . . .

Permutare (spesso) Conviene

Gestire le dipendenze:

adjusted p-value piu bassi (piu rifiuti)

Quando?

correlazione Negativa: generalmente nessun guadagno

p-value Indipendenti: guadagno minimo o nullo

correlazione Positiva: guadagno usualmente alto

Come?

in R: library(flip); flip(); flip.adjust()

Dati Reali

Neuroscienza e psicometria solitamente producono correlazioni

positive tra p-value (significativo in un voxel/parametro/scala

implica significativo in un altro)

quindi . . . Permutare (spesso) Conviene

Summary

FamilyWise Error

• Generalizza gli errori di Tipo I al caso di ipotesi multiple

• Controlla la probabilita di ALMENO un falso tra tutti i rifiuti

• corregge i p-value (adjusted p-value sempre uguale o

peggiore dei p-value non aggiustati)

Software R

• Bonferroni e Holm library(stats); p.adjust()

• Closed Testing library(cherry); closed()

• Ipotesi Strutturate library(globaltest); inheritance()

• Permutazioni - Westfall & Young

library(flip); flip.adjust()

Summary

FamilyWise Error





Software R






Summary

FamilyWise Error





Software R






Summary

FamilyWise Error





Software R






Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

False Discovery Rate 8

# Non Rifiutate # Rifiutate Totale

# H0 A0 R0 m0# H1 A1 R1 m1

A R m

Controllare il False Discovery Rate (FDR)

significa definire una procedura:

Media(#Falsi Rifiuti

#Rifiuti) = Media(

R0R

) ≤ q

solitamente q = .05 (analogo α)

8Benjamini and Hochberg (1995). Journal of the Royal Statistical Society,

Series B (Methodological) 57 (1): 289–300.

Outline

1 Introduzione

Alcuni Esempi



Definizione

Holm (step-wise)

Altri Metodi


Definizione

Metodi

Benjamini and Hochberg (BH)

p(10) m

10 = 0.753 1010 = 0.753

?≤ q = .10 : No

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


p(9) m

9 = 0.731 109 = 0.812

?≤ q = .10 : No

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


p(8) m

8 = 0.503 108 = 0.629

?≤ q = .10 : No

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


p(7) m

7 = 0.314 107 = 0.449

?≤ q = .10 : No

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


p(6) m

6 = 0.153 106 = 0.255

?≤ q = .10 : No

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


ecc.

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005


p(1) m

2 = 0.016 102 = 0.080

?≤ q = .10 : sı, STOP

p(10)=.753p(10)=.753

p(9) =.731p(9) =.731

p(8) =.503p(8) =.503

p(7) =.314p(7) =.314

p(6) =.153p(6) =.153

p(5) =.075p(5) =.075

p(4) =.050p(4) =.050

p(3) =.038p(3) =.038

p(2) =.016

p(1) =.005

Altro

Dipendenza

BH e valido sotto assunzione di indipendenza tra i p-value e

Positive Dependence through Stochastic ordering

(es normali con correlazione positiva)

Usualmente valido nei dati reali

Dipendenza qualsiasi: BY 9

Come BH map(i) m

i L =?≤ q = .10

con L =∑i

j=1 1/j (es i = 3: L = 1/1 + 1/2 + 1/3 )

Sotware

BH e BY: library(stats); p.adjust()

9Benjamini Y, Yekutieli D. (2001) The control of the false discovery rate in

multiple testing under dependency. Annals of statistics 29(4):1165–1188

Altro

Dipendenza






Come BH map(i) m

i L =?≤ q = .10

con L =∑i

j=1 1/j (es i = 3: L = 1/1 + 1/2 + 1/3 )

Sotware




Altro

Dipendenza






Come BH map(i) m

i L =?≤ q = .10

con L =∑i

j=1 1/j (es i = 3: L = 1/1 + 1/2 + 1/3 )

Sotware




Risultati (BH & BY)

p-value BH BY

ECRR: Ansia .2165 .325 1.000

ECRR: Evitamento .0015 .009 * .028 *

DAS: Consenso .0072 .022 * .067

DAS: Soddisfazione .0001 .001 * .004 *

DAS: Coesione .0415 .083 .258

DAS: Espr.Affetti .0025 .010 .031

AAI: Sicuro .3545 .473 1.000

AAI: Distanziante .0189 .045 * .141

AAI: Preoccupato .1264 .217 .673

CRI: Sicuro .5856 .639 1.000

CRI: Distanziante .5536 .639 1.000

CRI: Preoccupato 1.000 1.000 1.000

FWER or FDR?

Assunzioni implicite FDR

Le ipotesi sono scambiabili:

Falsi Rifiuti possono essere compensati da Veri Rifiuti

Problemi

• Cheating

• Subsets

FWER or FDR?




Problemi

• Cheating

• Subsets

FWER or FDR?




Problemi

• Cheating

• Subsets

Cheating

Posso aggiungere ipotesi non interessanti ma con p-value

significativi per permettermi piu falsi rifiuti.

Subsets

Controllo FDR NON implica controllo FDR in tutti i sottoinsiemi

es: Correggo tutti i test, ma discuto solo quelli che so spiegare

meglio o piu interessanti.

Finner and Roters10

• FDR control on all subsets = FWER control

• FWER control on all subsets = FWER control

10Finner H, Roters M. (2001) On the false discovery rate and expected type

I errors. Biometrical Journal; 43(8):985–1005

Cheating

Posso aggiungere ipotesi non interessanti ma con p-value

significativi per permettermi piu falsi rifiuti.

Subsets

Controllo FDR NON implica controllo FDR in tutti i sottoinsiemi

es: Correggo tutti i test, ma discuto solo quelli che so spiegare

meglio o piu interessanti.

Finner and Roters10

• FDR control on all subsets = FWER control

• FWER control on all subsets = FWER control

10Finner H, Roters M. (2001) On the false discovery rate and expected type

I errors. Biometrical Journal; 43(8):985–1005

Sottoinsiemi di Rifiuti

Tutte le Ipotesi

Rifiuti

Falsi Rifiuti

# Falsi Rifiuti# Rifiuti circa 0.10

ma nel sottoinsieme??

Sottoinsieme


Tutte le Ipotesi

Rifiuti

Falsi Rifiuti



Sottoinsieme


Tutte le Ipotesi

Rifiuti

Falsi Rifiuti



Sottoinsieme

Take-home message

• Spesso necessario e spesso non sentito

• FWER controllo della probabilita di errore

• FDR controllo della proporzione MEDIA di falsi rifiuti

• FWER e

• un controllo piu forte

• generalmente preferibile

• e con piu possibili estensioni (e piu flessibile)

• (FWER e FDR) facile in R

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MtpMolti p-value nella stessa analisi: necessità e metodi di correzione (Livio Finos)

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