Date post: | 01-May-2015 |
Category: |
Documents |
Upload: | carlita-valli |
View: | 221 times |
Download: | 0 times |
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Luciana BALDONI
Istituto di Genetica Vegetale, PerugiaIstituto di Genetica Vegetale, Perugia
PROGETTO INTERREGIONALE OLVIVA:ANALISI DELLE ATTIVITA’ IN CORSO E RISULTATI RAGGIUNTI
AZIONE 1: 'Caratterizzazione molecolare e morfologica'
Fase di monitoraggio 24 maggio 2007- 7 Settembre 2008
Analisi morfologica
Discriminazione delle varietà attraverso l’uso di un set definito e comune di descrittori morfologici stabili per tutte le cultivar
SCHEDA DI RILEVAZIONE DEI DATI MORFOLOGICI
Obiettivi di OLVIVA
Analisi molecolare
Identificazione delle varietà
Soluzione dei casi di sinonimia
Discriminazione di cloni e varieta’-popolazioni
Azione 1. Analisi morfologica e molecolare
Definizione e applicazione di un metodo di fingerprinting applicabile a livello nazionale per la certificazione genetica del materiale di propagazioneattraverso tecnologie biomolecolari
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Costituzione di una rete di laboratori
Individuazione delle 200 varietà di interesse vivaistico per le regioni coinvolte nel Progetto
Raccolta dei campioni da fonte qualificata (collezioni regionali e/o di istituzioni pubbliche di ricerca)
Analisi molecolare e morfologica
Validazione dei dati
Sviluppo di una piattaforma diagnostica per il riconoscimento rapido dell’identità delle varietà di olivo più importanti
Realizzazione e gestione di un data-base comune
Attività programmate
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Cultivar da analizzare per ciascuna regione
Regione Numero di varietà
Liguria 8
Toscana 20
Umbria 10
Marche 8
Lazio 20
Campania 20
Molise 8
Basilicata 10
Puglia 40
Calabria 22
Sicilia 24
Sardegna 10
TOTALE 200
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Varietà di ciascuna regione
SVILUPPO DEGLI STRUMENTI DI CERTIFICAZIONE GENETICASVILUPPO DEGLI STRUMENTI DI CERTIFICAZIONE GENETICA
Laboratori di analisi molecolare
Raccolta di campioni di foglie da 2 alberi/varietà
Analisi con un set comune di 18 SSR
Verifica della ripetibilità dei risultati tra laboratori mediante RING TEST
Validazione dei dati complessivi
Laboratori di analisi morfologica
Raccolta di campioni di foglie dagli stessi alberi
Analisi dei parametri morfologici secondo la scheda di rilevazione
Raccolta di immagini digitalizzate da campioni rappresentativi di frutti e foglie
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Set di marcatori SSR selezionati
1 DCA-18
2 UDO-43
3 DCA-16
4 DCA-09
5 GAPU-103
6 DCA-04
7 DCA-17
8 DCA-03
9 DCA-07
10 GAPU-101
11 DCA-14
12 EMO-90
13 DCA-15
14 DCA-05
15 DCA-13
16 GAPU-45
17 EMO-L
18 GAPU-71B
I marcatori SSR sono stati sottoposti ad una selezione preliminare basata sui seguenti criteri:
Potere di discriminazione (qualità dei segnali, assenza di bande multiple o alleli nulli, basso stuttering)
Segregazione indipendente
Informazioni di sequenza
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Cultivar Liguria – P2 – SSSA-Pisa
1. CASTELNOVINA2. LAVAGNINA3. LICCIONE4. MERLINA5. MORTINA6. PIGNOLA7. RAZZOLA8. TAGGIASCA
16 campioni (2 x 8 cv) analizzati con 18 loci SSR
Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 8 cultivar liguri per la compilazione delle schede elaiografiche
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione: Campo Catalogo Regione Liguria – La Spezia
Forniti 5 campioni x Ring Test reciproco al CNR-IGV Perugia.
Cultivar Toscana P6 – Università Siena
1. AMERICANO 2. COLOMBINO3. CORREGGIOLO 4. CUORICINO5. GIOGOLINO6. GRAPPOLO7. GREMIGNOLO DI B.8. GROSSOLANA9. LECCIO DEL CORNO10. MADREMIGNOLA11. MIGNOLO12. OLIVASTRA13. ORNELLAIA14. PENDAGLIOLO15. PIANGENTE16. QUERCETANA17. ROSSELLINO18. SAN DONATO19. SAN FRANCESCO20. SCARLINESE
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi.
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione ARSIA - Follonica
2 piante/cultivar (40 campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 18 loci SSR.
Cultivar Lazio – P10 – Università Tuscia, Viterbo
1. BROCANICA2. CANINO3. CELLAVECCHIA4. CORVA5. CROGNOLO6. MARINA7. MAURINO8. MONTANESE9. OLIVAGO10. OLIVASTRA
11. OLIVASTRO12. OLIVASTRONE13. OLIVONE DI VITERBO14. PENDOLINO15. RAJA SABINA16. REALE17. ROSCIOLA18. ROTONDA DI TIVOLI19. SALVIANA20. VALLANELLA
3 piante/cultivar (60 campioni + 5) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 10/18 loci SSR con 3 approcci: capillare, HRM e Beckman System.
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
Collezione Montopoli- ARSIAL
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Cultivar Umbria – P3-CNR-IGV Perugia P4- Università Perugia
1. MORAIOLO2. DOLCE AGOGIA3. FRANTOIO4. LECCINO5. RAIA6. RAIO7. BORGIONA8. SAN FELICE9. NEBBIA (o BIANCHELLA)10. NOSTRALE DI RIGALI11. ROSCIOLA DI PANICALE12. TENDELLONE
1. PG01 ANT/152. PG02 BORGIONA clone 23. PG03 CMS/16A4. PG04 FRANTOIO 45. PG05 FRANTOIO 146. PG07 LECCINO 617. PG11 POCCIOLO clone 28. PG12 RAIA clone 19. PG14 TENDELLONE 1
2 pi
ante
/cul
tivar
1 pi
anta
/cul
tivar
Col
lezi
one
CR
A-O
LIS
pole
toC
olle
zion
e C
RA
-PA
V,
Rom
a
2 piante/cultivar (24 + 9 campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 18 loci SSR.
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
Progetto Interregionale OLVIVA
Bari, 6-7 Novembre 2008
Cultivar Marche – P3 - CNR-IGV PerugiaP5 - Università Ancona
1. RAGGIA
2. ASCOLANA TENERA
3. PIANTONE DI MOIANO
4. MIGNOLA
5. CARBO'
6. MIGNOLONE
7. SARGANELLA
8. CORONCINA
9. RAGGIOLA
10 PIANTONE DI FALERONE
2 piante/cultivar (20 campioni) sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 18 loci SSR.
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Collezione ASSAM
1. ASCOLANA TENERA2. BELLA DI CERIGNOLA3. CAROLEA/OLIVONA4. CELLINA NARDÒ5. CERASELLA6. CIMA DI BITONTO7. CIMA DI MELFI8. CIMA DI MOLA9. CORATINA10. DOLCE DI CASSANO11. DONNA FRANCESCA12. DONNA GIULIETTA13. FRANGIVENTO14. FRANTOIANA15. FRANTOIO16. LECCINO17. MAIATICA18. MORAIOLO19. NOCELLARA20. NOCIARA21. NOLCA/NOCE22. OGLIAROLA23. OGLIAROLA BARESE24. OGLIAROLA GARGANICA25. OGLIAROLA LECCESE26. OLIVA ROSSA27. PASOLA28. PASOLA DI ANDRIA29. PENDOLINO30. PICHOLINE31. PROVENZALE32. RACIOPPA33. RACIOPPA LUCANA34. ROTONDELLA35. ROTONDELLA/CERASELLA36. SANT’ AGOSTINO37. SILLETTA38. SIMONE O SIMONA39. TERMITE DI BITETTO40. TOSCANINA
Cultivar Puglia – P17 Università BariP18 Università Bari
Campi collezione:
- Az. Didattico Sperimentale Valenzano – Università Bari- Campo di Pre-Moltiplicazione – Palagiano- Vivai Giannoccaro- Campi privati
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
2 piante/cultivar24/40 cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare con 13/18 loci SSR.
Sulle stesse piante sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
26 varietà2 piante/cultivar analizzate con i 18 loci SSR
Cultivar Calabria – P23 CRA-OLI RendeP22 Università di Reggio Calabria
Non sono state riscontrate differenze tra le due piante analizzate per ogni varietà, eccetto che per Imperiale, Nera di Cantinella e Tonda di Filogaso, nelle quali le due piante si differenziano tra loro per uno o due alleli.
La caratterizzazione morfologica è stata corredata da un’opportuna documentazione fotografica relativa ai principali caratteri morfologici di pianta, foglia, mignola, drupa ed endocarpo.
Forniti 5 campioni x Ring Test reciproco al CNR-IGV Perugia.
AGRISTIGNABORGESECAROLEACASSANESECICIARELLOCORNIOLADOLCE DI CERCHIARAGERACESEIMPERIALE
SANTOMAUROSINOPOLESETOMBARELLOTONDA DI FILADELFIATONDA DI FILOGASOTONDA DI STRONGOLITONDA DOLCETONDINAZINZIFARICA
MAFRANERA DI CANTINELLENOSTRANAOLIVELLA DI CERCHIARAOTTOBRATICAPENNULARAROMANELLAROSSANESE
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione di Mirto-Crosia (CS)
Cultivar Campania – P12 – Università Portici
Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 20 cultivar campane di olivo per la compilazione delle schede elaiografiche
11. SALELLA12. BIANCOLILLA13. CORNIA14. PAMPAGLIOSA15. RITONNELLA16. TENACELLA17. RUVEIA18. ASPRINIA19. FEMMINELLA20. OLIVA BIANCA
1. ROTONDELLA2. PISCIOTTANA3. ORTICE4. RAVECE5. TONDA6. CARPELLESE7. OGLIAROLA
CAMPANA8. ORTOLANA9. CAIAZZANA10.RACIOPPELLA
14/20 varietà sono state sottoposte all’analisi molecolare con 6/18 loci SSR
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione
Cultivar Molise – P13 – Università degli Studi del Molise
1. GENTILE DI LARINO2. OLIVA NERA DI COLLOTORTO3. AURINA4. ROSCIOLA DI ROTELLO5. CERASA DI MONTENERO6. SPERONE DI GALLO7. PAESANA BIANCA8. SALEGNA DI LARINO
Per ciascuna cultivar sono state scelte e contrassegnate le piante apparentemente migliori e si è proceduto al prelievo del materiale vegetale da sottoporre a caratterizzazione molecolare con 18 loci SSR
Dalle stesse piante madri delle principali cultivar di olivo molisane utilizzate per la caratterizzazione molecolare è stato prelevato materiale vegetale (foglie, frutti, fiori, ecc.) e sottoposto a caratterizzazione morfologica.
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione ARSIAM
Cultivar Basilicata – P14 Univerisità BasilicataP15 Univerisità Basilicata
Rilievi dei caratteri bio-morfologici di 10 cultivar lucane per la compilazione delle schede elaiografiche
20 campioni (2 x 10 cv) analizzati con 18 loci SSR
1. AUGELLINA2. CIMA DI MELFI3. CORNACCHIOLA4. FARESANA5. GHIANNARA6. MAIATICA7. OGLIAROLA DEL BRADANO8. OGLIAROLA DEL VULTURE9. SAMMARTINENGA10. SPINOSO
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione
Cultivar Sicilia – P24 – Università Palermo P25-CNR-IGV Palermo
24 cultivar analizzate con 15/18 loci SSR
2 piante adulte/cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare.
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
1. AITANA2. BIANCOLILLA3. BOTTONE DI GALLO4. BRANDOFINO5. CALATINA6. CAVALIERI7. CERASUOLA8. CRASTU9. ERBANO10. GIARRAFFA11. LUMIARO12. MINUTA
13. MORESCA14. NASITANA15. NERBA16. NOCELLARA DEL BELICE17. NOCELLARA ETNEA18. NOCELLARA MESSINESE19. OGLIAROLA MESINESE20. OLIVO DI MANDANICI21. PIRICUDDARA22. SANTAGATESE23. TONDA IBLEA24. VERDELLO
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione: ESA – Campo Carboi
Cultivar Sardegna – P3 CNR IGV Perugia P4 - Università Perugia
1. BOSANA
2. MANNA
3. NERA DI GONNOS
4. NERA DI VILLACIDRO
5. OGLIASTRINA
6. OLIEDDU
7. NERA DI OLIENA
8. PIBIREDDU
9. SEMIDANA
10. TONDA DI CAGLIARI
10 cultivar analizzate con 18 loci SSR
2 piante/cultivar sono state sottoposte a caratterizzazione genetico-molecolare.
Sulle stesse sono stati rilevati i parametri morfologici e bio-metrici relativi all’albero e ai suoi organi: infiorescenza, foglia, frutto e nocciolo.
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Campo collezione: AGRIS
• DNA delle varietà di ciascuna regione;
• DNA dei 5 campioni ‘anonimi’ previsti nel Ring Test e che il P3-CNR-IGV di Perugia ha inviato a tutti gli altri laboratori;
• DNA di 3 varietà (Frantoio, Leccino e Nociara) da utilizzare come riferimento comune.
Analisi molecolare
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Ciascun laboratorio ha analizzato i seguenti campioni:
Sono stati realizzati i seguenti esperimenti:
• Amplificazione PCR
• Separazione degli amplificati tramite elettroforesi su gel di agarosio o su capillare
• Trasformazione dei dati grezzi forniti dagli strumenti nelle lunghezze reali degli alleli microsatellitari (binning)
• Esperimenti di RING TEST
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
I dati ottenuti dai 9 laboratori sui 5 campioni ‘ignoti’ distribuiti dal P3-CNR-IGV Perugia sono confluiti presso lo stesso laboratorio, che sta provvedendo a:
• Verificare che i risultati ottenuti dai diversi laboratori sui campioni del Ring Test corrispondano tra loro e, in caso negativo, verificarne le ragioni e procedere alle azioni di correzione;
• Verificare che le lunghezze degli alleli ottenute dai diversi laboratori per le varietà di riferimento siano tutte identiche tra loro;
• Verificare che tutti i laboratori abbiano ottenuto il previsto range di alleli.
Una volta svolto questo lavoro si potrà finalmente procedere ad elaborare congiuntamente i dati delle varietà di tutte le regioni coinvolte nel Progetto, per un’analisi complessiva dei casi di identità e di similarità.
Queste attività sono in corso di realizzazione durante questa ultima fase del progetto e saranno oggetto del prossimo rendiconto.
Ring Test
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Lab. 1Lab. 2Lab. 3Lab. 4Lab. 5Lab. 6
244-254243-253243-253243-243242-252244-254
Allele miscalling
Lab. 1 Vede entrambi gli alleli
Lab. 2 Vede solo allele corto
Lab. 3 Vede solo allele lungo
Allele drop out
198-200
198-198
200-200
Lab. 1Lab. 2Lab. 3Lab. 4Lab. 5Lab. 6
160-204160-204185-204160-204160-204160-204
Wrong allele Allele misinterpretation
Errori comuni nell’identificazione degli alleli
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Lo stesso allele viene arrotondato a valori che differiscono tra loro di 1 o 2 basi
Catalogo delle immagini
• Raccolta di campioni rappresentativi (almeno 50) di fiori, frutti e foglie
• Conferimento ad un unico laboratorio
• Acquisizione delle immagini digitalizzate in condizioni uniformi di luce, distanza focale, sfondo, ecc.
• Analisi computerizzata dei parametri morfometrici
• Pubblicazione cartacea e online delle immagini
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Aprile 2008 - Avvio in serra delle prove di valutazione della resistenza alla tracheoverticilliosi delle varietà di olivo fornite come talee autoradicate da alcune Regioni partecipanti al Progetto.
BasilicataAugellina, Cima di Melfi, Faresana, Fasolina, Fasolona, Ghiannara, Maiatica di Ferrandina, Ogliarola del Bradano, Ogliarola del Vulture e Rotondella.
LiguriaMerlina e Razzola.
MoliseAurina, Cerasa di Montrenero, Gentile di Larino, Oliva Nera di Colletorto, Paesana Bianca, Rosciola di Rotello e Sperone di Gallo.
SiciliaAbunara, Biancolilla, Bottone di Gallo, Calatina, Cavalieri, Cerasuola, Erbano, Giarraffa, Minuta, Nasitana, Nerba, Nocellara del Belice, Olivo di Mandanici, Piricuddara e Vaddarica.
P16 - Dipartimento di Biologia e Patologia Vegetale – Università Bari
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008
Gravità dei sintomi interni (Curva di progressione della malattia nel tempo e Imbrunimento vascolare) della verticilliosi su piante di olivo di due anni di età provenienti dalla Basilicata, Liguria, Molise e Sicilia
Progetto Interregionale OLVIVABari, 6-7 Novembre 2008