Conoscere e usare la banca dati PubMedEducafè: 18 aprile 2007- Valeria Baudo, Dip. Bioingegneria

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Agenda:

• Usare PubMed: le funzioni base• Salvare e gestire i risultati• Usare le funzioni avanzate

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PubMed:il Google della medicina?

1997: la rivoluzione PubMed

1999: Nasce Google

PUBMED : RICERCA MEDICA = GOOGLE : INTERNET

Ma PubMed non è Google (e neanche Google Scholar)• PubMed è una banca dati e non un motore di ricerca• PubMed è costruito sul lavoro umano di selezione delle fonti, Google

si basa su spider• PubMed si basa su un theasurus, Google non permette neanche lo

stemming (troncamenti * ?)• In PubMed controllo e dirigo la ricerca, in Google mi affido

ciecamente al ranking

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La usano in tanti

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La banca dati http://www.pubmed.gov

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PubMed: una banca dati

• PubMed è una banca dati bibliografica FREE!• Comprende circa 16 milioni di citazioni da quasi 5000 riviste dagli

anni ’50 a oggi, in più di 30 lingue• Ogni giorno vengono aggiunti tra i 1500 e i 3500 record ( >700mila

record/anno)• È stata sviluppata dalla National Library of Medicine (U.S.A.)• Fa parte del più ampio progetto Entrez• Discipline: biomediche

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PubMed è:

• Una banca dati bibliografica (non comprende il full text a meno che non sia free o l’istituzione abbia un abbonamento specifico)

• Chi inserisce i record?

1. Inviati in maniera automatica dagli editori [PubMed - as supplied by publisher]

2. Inseriti, ma non indicizzati [PubMed - in process]

3. La citazione completata con i MeSH, le correzioni eventuali etc etc [PubMed - indexed for MEDLINE]

• Il plusvalore di PubMed (e delle banche dati in generale) è dato dal lavoro umano di indicizzazione e normalizzazione

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Indicizzare vuol dire:

• Fare lo spoglio della rivista (cioè segnalare i contributi presenti)• Di ogni articolo estrarre i dati principali che riguardano

1. L’autore e la fonte: titolo della rivista (cartacea o elettronica) , volume, fascicolo, anno, data di pubblicazione, ISSN etc Sono dati che ci servono ad esempio per richiedere un articolo non disponibile presso il Politecnico (document delivery)

2. Il contenuto: keywords, abstract, MeSH.

È la parte più importante quando facciamo una ricerca per argomento, come quella per la tesi

È un processo umano, che richiede tempo e fatica, ma offre un grande valore aggiunto in termini di pertinenza della ricerca

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Una ricerca alla Google (si può fare di meglio)

IL VIAGRA FA MALE AL CUORE?

Search PubMed >for viagra heart

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Raffinare i risultati della ricerca

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Il thesaurus

• Le banche dati (quasi tutte) sono costruite sulla base di un dizionario controllato (termine generico= theasurus).

• In PubMed si chiama MeSH (Medical Subject Headings)• Qual è il vantaggio di partire da un thesaurus? I termini vengono

normalizzati (si usa sempre una sola parola)

1. I sinonimi

2. Gli acronimi (ex: PET use Positron-Emission Tomography)

3. Le varianti di lingua

4. Il nome commercial (ex: Viagra use sildenafil [Substance Name])

Quando non posso usare i MeSH:• Argomento molto specifico o molto recente (ex: gait analysis)• Se il record è nello status [PubMed - as supplied by publisher] o

[PubMed - in process]

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I MeSH

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Ho recuperato tutti i record presenti?

Mancano i record:

1. [PubMed - as supplied by publisher]

2. [PubMed - in process]

Che fare?• Keywords, troncamenti, sinonimi e acronimi

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Traducendo e semplificando:

VIAGRA

Viagra

OR

sildenafil

HEART

Heart*

OR

Cardiac System*

OR

Cardiovascular system

ANDVIAGRA HEART

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Entry terms e See also:

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Un aiuto: gli entry terms

HEART:Entry Terms:HeartsSee Also:Angiocardiography Anti-Arrhythmia Agents Ballistocardiography Cardiotonic Agents Electrocardiography Myocardium

Cardiovascular SystemEntry Terms:Cardiovascular Systems System, Cardiovascular Systems, Cardiovascular See Also:Blood Circulation

SILDENAFIL [SUBSTANCE NAME]:Entry Terms:acetildenafil desmethyl sildenafil desmethylsildenafil homosildenafil hydroxyhomosildenafil Revatio Pfizer brand 2 of sildenafil citrate sildenafil citrate 1-((3-(6,7-dihydro-1-methyl-7-oxo-3-propyl-1H-pyrazolo(4,3-d)pyrimidin-5-yl)-4-ethoxyphenyl)sulfonyl)-4-methylpiperazine citrate UK 92480-10 UK-92,480-10 Viagra Abbott brand of sildenafil citrate Pfizer brand 1 of sildenafil citrate

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Costruire la strategia di ricerca:

Before you can search for any information, you should first develop a search strategy.

What is a Search Strategy?A search strategy is a plan that helps you look for the information you need.

Search Strategy Tips

* Identify the key concepts. * Determine alternative terms for these concepts, if needed. * Refine your search to dates, study groups, etc., as appropriate. * Practice helps. Strategies and styles will differ according to personal choice

and professional discipline.

Source: PubMed tutorialhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m2016.html

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I risultati della ricerca : la lettura

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Il singolo risultato (Abstract Plus)

Da sapere:

•SFX in PubMed da pagina SBA

•Epub significa in press

•Forma contratta titolo rivista: Journaldatabase

•Un titolo tra quadre indica un articolo in lingua non inglese

Ex: [Retroperitoneal Castleman's disease. A report of two cases and analysis of the literature]

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SFX in PubMed

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Cosa posso fare coi risultati:

1. Salvare la strategia di ricerca

Richiede un account personale in MyNCBI (free!)

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2) Salvare i singoli record

• Posso creare un file di testo (txt)• Posso creare un file da salvare sul pc (txt)• Posso stampare• Inviare per mail• Aggiungerli a una clipboard temporanea• Order (document delivery commerciale)

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Importarli in Refworks:

• Refworks è un gestore di bibliografie che permette la creazione della bibliografia in maniera automatica

• Bisogna esportare i risultati che si vogliono inserire in bibliografia da PubMed a Refworks

• Per fare questo bisogna codificare il testo di modo che i due sistemi riescano a scambiarsi le informazioni

• Per fare questo bisogna scegliere il formato Display>MEDLINE

• Send to >File

• Salvare il file e importarlo in Refworks scegliendo: Import Filter/Data Source: NLM PubMedDatabase: PubMedImport Data from the following Text File: scegliere il file .txt precedentemente salvato

Sembra complesso ma è facile, bisogna solo prenderci la mano!

Se dimentichi qualche passaggio:

http://bioingegneria.wordpress.com/2006/07/18/guida-allesportazione-in-refworks-da-pubmed/

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1) Display>Medline

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2) Send to> File

Salvare il file .txt sul disco

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3) Refworks > Import

References > Import

Import Filter > NLM PubMed

Import data from the following text file > Sfoglia > nostrofile.txt

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I Feed RSS

• RSS “Really Simple Syndication” o “Rich Site Summary”• Servono per l’alerting e manetenersi aggiornati su un argomento di

ricerca (piuttosto generico)• Sono meno invasivi della mail (NO SPAM!)• Per usarli serve un lettore: feed reader il locale o aggregatore sul

Web• Refworks integra la funzionalità di lettore di Feed RSS• Come si riconoscono:

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I feed RSS in PubMed

Search > Send to > RSS FEED

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Create feed

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Feed creato

Tasto dx mouse > copia indirizzo

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Leggere i Feed in Refworks

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Altre funzionalità: il Journal Database

• Trasforma il titolo abbreviato della rivista in formato esteso • Utile per cercare nell’ OPAC (alternativa: stemming con ?)

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Il Single Citation Matcher

Localizza un articolo di cui ricordo solo alcuni dati (ex: Autore e anno)

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Entrez comprende:

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E anche:

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Il portale della NLM: http://www.nlm.nih.gov/

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Domande?

Dubbi?

bioingegneria@mail.biblio.polimi.it

http://bioingegneria.wordpress.com/